Введение
ГЛАВА 1. Структура и динамика биологических макромолекул по данным спектроскопии магнитного резонанса 8
1.1. Основы метода спиновых меток 8
1.2. Симуляция спектров ЭПР на основе атомистического моделирования 18
ГЛАВА 2. Совместное использование методов спиновых меток и молекулярной динамики 33
2.1. Общая характеристика существующих методов расчета спектров ЭПР спин-меченых макромолекул 33
2.2. Стабильные интермедиаты актин-миозинового цикла по данным метода спин-метки...34
2.3. Анализ траекторий молекулярной динамики 42
2.4. Расчет спектров ЭПР из траекторий МД на основе формализма частичного усреднения тензоров 48
2.5. Расчет спектров ЭПР из траекторий МД на основе формализма ориентационного потенциала 55
ГЛАВА 3. Метод температурно-вязкостной зависимости в спектроскопии ЭПР 63
3.1. Основы метода температурно-вязкостной зависимости 63
3.2. Стабильные интермедиаты актин-миозинового цикла 65
3.3. Образование белкового комплекса барстар-барназа 68
ГЛАВА 4. Использование методов ЯМР для исследования клеточных комплексов переходных металлов 72
4.1. Современные методики ядерного магнитного резонанса в исследовании макробициклических трис-диоксиматов железа(П) и кобальта(П) 72
4.2. Конформационная динамика бис-клатрохелатов железа(П) 74
4.3. Парамагнитные сдвиги в клатрохелатах кобальта(П) 78
ГЛАВА 5. Магнетохимическое изучение макробициклических трис-диоксиматов кобальта(ІІ) 90
5.1. Магнетохимические характеристики комплекса Со(СІ20т)з(ВСНз)2 90
5.2. Влияние апикальных заместителей на магнитные свойства комплексов с шестью реберными атомами хлора 93
ГЛАВА 6. Использование спектроскопии ЭПР для изучения особенностей электронной структуры клеточных комплексов кобальта и железа 96
6.1. Фенол-содержащие макробициклические трис-диоксиматы 97
6.2. Электронная структура инкапсулированного иона кобальта(П) в клатрохелатах кобальта
по данным спектроскопии ЭПР 99
ГЛАВА 7. Ингибиторы протеазы ВИЧ на основе клеточных комплексов железа(П) 109
7.1. Антиретровирусная терапия ВИЧ 109
7.2. Ингибиторы протеазы ВИЧ на основе клеточных комплексов железе(И) 111
ГЛАВА 8. Экспериментальная часть 117
8.1 Приготовление образцов спин-меченых белков 117
8.2. Регистрация спектров ЭПР 118
8.3. Симуляция спектров ЭПР 120
8.4. Регистрация спектров ЯМР 120
8.5. Расчет траекторий молекулярной динамики 121
8.6. Молекулярный докинг клеточных комплексов железа(П) в активный центр протеазы ВИЧ 122
Выводы 124
Список литературы 125
