Введение
1. Создание структурно-функциональных моделей каталитических центров природных нуклеаз (обзор литературы) 7
1.1. Конструирование искусственных нуклеаз 7
111 Механизм гидролитического расщепления РНК 8
112 Механизм гидролитического расщепления ДНК 9
113 Основные структурные элементы активных центров нуклеаз 9
114 Создание аналогов каталитических центров металлонезависимых ферментов и 114 1 Моделирование каталитических центров нуклеаз (искусственные нуклеазы на основе аминокислот и пептидов) . 12
1.1.4.2. Создание моделей нуклеаз (объединение в одной молекуле связывающего и каталитического центров) . 18
2 1. Химические нуклеазы с интеркалятором в качестве связывающего домена 18
2 2 Химические нуклеазы, содержащие поликатионные рнк-связывающие фрагменты 23
115 Моделирование каталитических центров металлозависимых ферментов 29
115 1 Механизмы активации фосфатной группы ионами металлов 29
1.1 5 2 Химические нуклеазы на основе моноядерные металлокомплексов . 31
115 3 Химические нуклеазы на основе биядерных комплексов . 37
115 4 Химические нуклеазы на основе трехядерных металлокомплексов .. 40
1 2 Методы изучения каталитической активности соединений, гидролизующих р-0 связи в различных субстратах ... . 43
121 Качественные методы детекции расщепления р-0 связей 43
12 2 Спектрофотометрический анализ в изучении активности химических нуклеаз 45
12 3 Изучение нукпеазной активности с использованием флуоресцентно-меченых субстратов 50
12 4 Хроматографические методы анализа в изучении нуклеазной активности 54
12 5 Исследования нуклеазной активности с помощью метода 3,р ямр 58
12 6 Испочъзование радиоактивно-меченых субстратов в изучении нуклеазной активности 59
Глава 2. Результаты и их обсуждение 62
2 1 Влияние длины гидрофобного радикала на эфф1 ктивность искусственной рибонуклеазы . 62
2 2 Конструирование структурно-функциональных аналогов каталитических цтнтров природных рибонуклеаз 67
221 Конструирование и синтез тетрапептидов, на основе аминокислот, формирующих каталитический центр 69
2 2 2 Гидролитическая активность рнказомиметиков серий f, к, r 73
2 2 3 Синтез симметричных пептидов, содержащих внутри структуры протяженный линкер 76
22 4 Рибонуклеазная активность пептидоподобных соединений серий i/ и l2 79
2 31 Синтез производных пептидов r- и к-серий, содержащих остаток 1,4-
диазабицикло[2 2 2]октана . $2
2 3 2 Рибонуклеазная активность производных пептидов r- и к-серий, содержащих остаток dabco 83
2 3 3 Синтез антрацен-пептидных конъюгатов 84
2 3 4 Рибонуклеазная активность антрацен пептидных конъюгатов 85
2 4. Сравнение рибонуклеазной активности соединений различных серий 86
2 5. Влияние структурных параметров рнк-мишени на специфичность
связей в присутствии низкомолекулярных рнказомиметиков.. 90
2.6 Взаимосвязь "структура - каталитическая акіивность" в рядах различных искусственных рибонуклеаз . . . 95
Глава 3. Экспериментальная часть 102
3 2 Методы . 102
Выводы 121
Благодарности 123
Список литературы
