Введение
ГЛАВА I. Механизмы регуляции транскрипции посредством некодирующих РНК в прокариотах и эукариотах (Обзор литературы) 8
1.1. Природа и разнообразие некодирующих РНК 8
1.2. 6S РНК - бактериальная некодирующая РНК, регулирующая транскрипцию 12
1.2.1. История открытия и первых исследований 6S РНК 12
1.2.2. 6S РНК Escherichia coli 15
1.2.2.1. Функция 6S РНК 15
1.2.2.2. Генетическая организация гена ssrS, процессинг 6S РНК 17
1.2.2.3. Механизм функционирования 6S РНК как регулятора транскрипции 21
1.2.3. Характеристика 6S РНК из различных бактерий 30
I.2.3.1. Две 6S РНК Legionella pneumophila 32
I.2.3.2 Две 6S РНК Bacillus subtilis 33
1.3. Некодирующие РНК, регулирующие активность РНКП II в клетках эукариот 37
1.3.1 FC РНК – аптамер, связывающий РНКП II 37
1.3.2 Регуляторные РНК, кодируемые SINE-элементами 40
1.3.2.1 Alu РНК человека и B1 РНК мыши 41
1.3.2.2 В2 РНК мыши 44
I.3.3. Некоторые некодирующие РНК, регулирующие транскрипцию при взаимодействии с транскрипционными факторами 51
1.3.3.1. 7SK и TAR РНК 51
1.3.3.2. SRA РНК 57
1.3.3.3. U1 мяРНК 60
1.3.3.4. DHFR нкРНК 61
1.3.3.5. GAS5 РНК 62
ГЛАВА II. Малые некодирующие 6S-1 и 6S-2 РНК из Bacillus subtilis: сравнительный анализ свойств и функций (Обсуждение результатов) 65
II.1. Выделение 6S-1 и 6S-2 РНК Bacillus subtilis 66
II. 2. Выделение РНК-полимеразы Bacillus subtilis 68
11.3. Изучение комплексообразования 6S-1 и 6S-2 РНК с РНКП 72
11.4. Изучение конкуренции между 6S-1/6S-2 РНК и промоторами ДНК в условиях
транскрипции in vitro 74
11.5. Особенности взаимодействия РНКП с 6S-1 и 6S-2 РНК: синтез пРНК 84
11.6. Исследование роли 6S-1 и 6S-2 РНК B. subtilis in vivo 104
11.6.1. Характеристика клеточных линий B. subtilis, используемых для выяснения роли 6S-1 и 6S-2 РНК in vivo 105
11.6.2. Синтезируются ли пРНК in vivo? 107
11.6.3. Влияние делеций генов bsrA и bsrB на экспрессию белков B. subtilis 112
ГЛАВА III. Экспериментальная часть 119
111.1. Реактивы и материалы 119
111.2. Приборы и методы 123
111.3. Общие методики 127
Выводы 145
Список литературы 146
