Введение
Глава 1. Два алгоритма и компьютерная программа поиска потенциальных аттенюаторных регуляторных структур МРНК 17
1.1. Первый алгоритм 19
1.2. Второй алгоритм 27
1.3. Сравнение результатов работы первого и второго алгоритмов 38
Глава 2. Тестирование алгоритмов 43
2.1. Второй алгоритм: тестирование на случайных последователь ностях 43
2.2. Второй алгоритм: тестирование на случайных последователь ностях с участком остатков урадила U 45
2.3. Второй алгоритм: тестирование на случайных последователь ностях, содержащих биологически значимые терминаторы 49
2.4. Первый и второй алгоритмы: тестирование на биологических последовательностях, содержащих аттенюаторную структуру 51
2.5. Второй алгоритм: тестирование на биологических последова тельностях, содержащих альтернативные структуры типа Т-бокс 53
2.6. Второй алгоритм: тестирование на биологических последова тельностях, не содержащих аттенюаторов по результатам работы первого алгоритма 55
Глава 3. Массовый поиск аттенюаторной регуляции 60
3.1. Особенности аттенюаторной регуляции биосинтеза гистидина, треонина, разветвленных и ароматических аминокислот 60
3.2. Метаболические пути, опсронные структуры и выравнивания аттенюаторов изученных оперонов 67
3.3. Характерные аттенюаторные структуры, найденные алгоритмом 80
Заключение 102
