Введение
Обзор литературы
1. Кофакторы транскетолазы 11
2. Взаимодействие тиаминдифосфата с апотранскетолазой 14
2.1 Двустадийный процесс взаимодействия тиаминдифосфата с апотранскетолазой 14
2.2 Изменение спектральных характеристик транскетолазы в результате ее взаимодействия с коферментом 16
2.3 Кинетическая модель связывания кофермента с апотранскетолазой 23
2.4 Неэквивалентность активных центров в димере транскетолазы при связывании кофермента 27
2.5 Влияние субстратов на реконструкцию холотранскетолазы и ее стабильность 28
3. Связывание субстратов с транскетолазой и их каталитические
превращения 33
3.1 Изменение спектра холотранскетолазы в результате связывания и превращения субстратов 33
3.2 Двусубстратная транскетолазная реакция 34
3.3 Неэквивалентность активных центров транскетолазы по отношению к субстрату-донору 38
3.4 Односубстратная транскетолазная реакция 41
1. Теоретический анализ взаимодействия лиганд-связывающих центров в димерном белке 46
1.1. Модель с эквивалентными и невзаимодействующими лиганд- связывающими центрами 46
1.1.1. Описание схемы двустадийного связывания тиаминдифосфата с транскетолазой 46
1.1.2. Вывод теоретических уравнений 47
1.2. Модель с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами 50
1.2.1. Описание схемы 50
1.2.2. Вывод теоретических уравнений 52
1.2.3. Исследование модели с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами 55
1.2.3.1. Построение графиков зависимостей степени насыщения белка лигандом (Г), степени конформационных изменений (Z) и нормированной степени конформационных изменений (Z„opM) от концентрации лиганда, L 55
1.2.3.2. Построение трехмерного графика, связывающего степень насыщения белка лигандом (У), нормированную степень конформационных изменений (ZHopM) и концентрацию лиганда, L 57
1.2.3.3. Построение и анализ графиков зависимости нормированной степени конформационных изменений (ZHopM) от степени насыщения белка лигандом (У) 57
1.3. Исследование кооперативных взаимодействий для теоретических моделей 63
1.3.1. Модель Моно, Уаймена и Шанжё 63
1.3.1.1. Описание модели 63
1.3.1.2. Сопоставление модели Моно, Уаймена, Шанже и разработанной нами модели с взаимодействующими лиганд- связывающими центрами 64
1.3.2. Модель Кошланда, Немети и Филмера 65
1.3.2.1. Описание модели 65
1.3.2.2. Сопоставление модели Кошланда, Немети, Филмера и разработанной нами модели с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами 68
2. Возможность практического использования теоретических разработок на примере транскетолазы .. 71
2.1. Выбор модели для изучения взаимодействия тиаминдифосфата с апотранскетолазой 72
2.1.1. Сравнение графиков остаточной разности 72
2.1.2. Коэффициент смешанной корреляции, как критерий выбора модели 75
2.2. Расчет равновесных и кинетических констант при связывании тиаминдифосфата с апотранскетолазой в присутствии ионов Mg2 76
2.2.1. Построение зависимости начальной скорости связывания тиаминдифосфата с апотранскетолазой от концентрации тиаминдифосфата и определение параметров Vo,npwi и . 76
2.2.2. Определение равновесных констант K\YLKI 78
2.2.3. Определение констант скорости к+и к.\, &+2 и к.2 81
2.2.4. Построение графика зависимости нормированной степени конформационных изменений (Z) от степени насыщения белка лигандом (У) для экспериментальных данных 85
2.2.5. Связывание тиаминдифосфата с транскетолазой в присутствии субстрата-донора 85
2.3. Расчет равновесных и кинетических констант при связывании тиаминдифосфата с апотранскетолазой в присутствии ионов Са2+ 87
2.3.1. Определение параметров Уо,пред и К& 87
2.3.2. Определение равновесных и кинетических констант 89
2.3.3. Построение графика зависимости нормированной степени конформационных изменений (ZHOpM) от степени насыщения белка лигандом (У) для экспериментальных данных 93
2.3.4. Связывание тиаминдифосфата с транскетолазой в присутствии субстрата-донора 93
3. Заключение 97 1]с
4. Выводы 100 5q
5. Список литературы 102
