ВВЕДЕНИЕ 6
ГЛАВА 1. КРИТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ОСНОВНЫХ
МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИЙ КРОВОТОКА
(ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)
16
1.1 Современный взгляд на проблему диагностики инфекций
кровотока
16
1.1.1 Маркеры системной воспалительной реакции как вариант
экспресс диагностики инфекций кровотока
17
1.1.2 Микробиологический метод исследования крови, как
основа этиологической диагностики при инфекциях кровотока
20
1.1.3 Этиологическая характеристика генерализованных
инфекций, сопровождающихся бактериемией
27
1.2 Факторы, влияющие на результат микробиологического
исследования при инфекциях кровотока
33
1.2.1 Методы детекции возбудителей в биологическом
материале
33
1.2.2 Адгезивность микроорганизмов как фактор, влияющий на
аналитический этап микробиологического исследования крови
37
1.2.3 Длительность инкубации образцов и количество
микробных клеток в крови как фактор, влияющий на
аналитический этап микробиологического исследования крови
38
1.3 Пути повышения информативности микробиологической
диагностики инфекций кровотока
40
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 47
2.1 Дизайн исследования 47
2.2 Посев крови на стерильность 50
2.3 Методика выделения и первичной идентификации
микроорганизмов при исследовании крови на стерильность
51
2.4 Окрашивание препаратов по методу Грама 52
2.5 Идентификация микроорганизмов, выделенных из 52
3
положительных гемокультур
2.6 Методика оценки адгезивных свойств 53
2.7 Методика приготовления инокулюма 54
2.8 Расчет индекса соответствия Жаккара 55
2.9 Центрифугирование образцов 55
2.10 Кондуктометрический метод оценки клеточного состава
надосадка
56
2.11 Проточная цитофлюориметрия суспензии
микроорганизмов
57
2.12 Протокол ускоренной идентификации SepsityperKit из
положительных гемокультур
57
2.13 Методы статистической обработки полученных
результатов
58
ГЛАВА 3. ВИДОВОЕ РАЗНООБРАЗИЕ
МИКРООРГАНИЗМОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ
ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ КУЛЬТУР
61
3.1. Биологическое разнообразие микроорганизмов в
зависимости от условий культивирования
61
3.2 Особенности микробного спектра при инфекциях кровотока
в зависимости от клинического профиля пациентов
81
ГЛАВА 4. АНАЛИЗ АДГЕЗИВНЫХ СВОЙСТВ
МИКРООРГАНИЗМОВ ПРИ ИНФЕКЦИЯХ КРОВОТОКА И
ВОЗМОЖНОСТИ ИХ КОРРЕГИРОВАНИЯ ДЛЯ
УЛУЧШЕНИЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ МЕТОДОМ MALDIToF МС
89
4.1 Анализ адгезивных свойств микроорганизмов при
инфекциях кровотока и факторов снижающих адгезию
патогенов
89
4.2 Влияние хелатирующих агентов на точность идентификации 97
4
микроорганизмов при использовании протокола ускоренной
идентификации методом MALDI-ToF МС
ГЛАВА 5. ОЦЕНКА ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ
ПАРАМЕТРОВ РОСТА МИКРООРГАНИМЗОВ С ТОЧКИ
ЗРЕНИЯ ОПТИМИЗАЦИИ ИДЕНТИФИКАЦИИ
МИКРООРГАНИЗМОВ МЕТОДОМ MALDI-ToF МС
102
5.1 Выявление взаимосвязи параметров роста микроорганизмов в
жидких питательных средах и точности идентификации
микроорганизмов методом MALDI-ToF MС
102
5.2 Оценка влияния длительности культивирования образцов
крови на точность идентификации микроорганизмов методом
MALDI-ToF MC
107
ГЛАВА 6. СТАНДАРТИЗАЦИЯ МЕТОДИКИ
ПРОБОПОДГОТОВКИ ДЛЯ УСКОРЕННОЙ
ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ ИЗ
ПОЛОЖИТЕЛЬНЫХ ГЕМОКУЛЬТУР
118
6.1 Валидация пробоподготовки для ускоренной идентификации
грамотрицательной флоры, на примере E.coli
119
6.2 Валидация пробоподготовки для ускоренной идентификации
грамположительной флоры, на примере S.aureus
125
6.3 Установление рабочих характеристик процедуры
пробоподготовки образцов из положительных гемокультур
130
6.4 Установление биоматериала для ускоренной идентификации
с использованием MALDI-ToF MC
137
ГЛАВА 7. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ
ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ МЕТОДОМ
MALDI-ToF MС ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ УСКОРЕННЫХ
ПРОТОКОЛОВ ПРОБОПОДГОТОВКИ ОБРАЗЦОВ ИЗ
ПОЛОЖИТЕЛЬНЫХ ГЕМОКУЛЬТУР
147
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 156
5
ВЫВОДЫ 171
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ 172
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 173
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 175
