Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 12
1.1. Введение 12
1.2. Молекулярно-генетические маркеры рака предстательной железы 15
1.2.1. ПСА 15
1.2.2 Производные и подтипы ПСА 17
1.2.3 Другие молекулярные маркеры 19
1.2.4 Молекулярно-генетические маркеры РПЖ на уровне ДНК и РНК 24
1.3. Роль микроРНК в качестве молекулярно-генетических маркеров 28
1.3.1 Процессинг и функции микроРНК 28
1.3.2 Носители внеклеточных микроРНК 30
1.3.3 Способы секреции и возможные функции циркулирующих микроРНК32
1.3.4 Роль циркулирующих микроРНК в качестве маркеров различных физиологических и патологических состояний организма 36
1.3.5 Влияние методики выделения на определяемый профиль циркулирующих микроРНК 40
1.4. Заключение 47
ГЛАВА 2. Материалы и методы 50
2.1 Разработка методики выделения и анализа циркулирующих РНК плазмы
крови 50
2.1.1 Оптимизация протокола центрифугирования плазмы 50
2.1.2 Выделение тотальной РНК из плазмы крови 54
2.1.3 Анализ профиля представленности микроРНК с помощью микрочипов Affymetrix GeneChip miRNA 4.0 56
2.2 Анализ профилей представленности микроРНК в плазме крови 59
2.2.1 Изучение взаимосвязи гемолиза и профиля циркулирующих микроРНК 2.2.2 Изучение профиля микроРНК здоровых доноров 60
2.2.3 Изучение профилей микроРНК в плазме крови пациентов с доброкачественной гиперплазией и раком предстательной железы. 62
2.3 Анализ возможной роли клеток рака предстательной железы
в происхождении циркулирующих микроРНК 64
2.3.1 Культивирование клеточной линии рака предстательной железы DU 145
2.3.2 Выделение РНК из культуральной среды и клеток DU 145 и анализ
профиля микроРНК на чипах Affymetrix GeneChip miRNA 4.0 65
ГЛАВА 3. Результаты собственных исследований и их обсуждение 68
3.1 Разработка методики выделения циркулирующих РНК из плазмы крови 68
3.1.1 Влияние методики выделения плазмы на показатели плазмы крови 68
3.1.2 Изучение взаимосвязи гемолиза и профиля циркулирующих микроРНК
3.1.3 Профиль микроРНК здоровых доноров 79
3.2 Изучение профилей микроРНК, характерных для доброкачественной гиперплазии и рака предстательной железы 82
3.2.1 Анализ отдельных микроРНК, высокопредставленных при доброкачественной гиперплазии и раке предстательной железы 82
3.2.2 Дифференциальная диагностика доброкачественной гиперплазии и рака предстательной железы на основе набора из нескольких микроРНК 86
3.3 Анализ возможных источников циркулирующих микроРНК при раке предстательной железы 92
3.3.1 Анализ генов-мишеней и генов-хозяев микроРНК, высокопредставленных при раке предстательной железы 92
3.3.2 Исследование взаимосвязи уровней микроРНК в клеточной модели рака предстательной железы и плазме крови больных 98
Заключение 109
Выводы 115
Практические рекомендации 116
Список сокращений и условных обозначений 117
Список литературы 119
