Введение
2 Обзор литературы 10
2.1 Характеристика описторхид 10
2.1.1 Положение описторхид в систематике 10
2.1.2 Строение мариты 10
2.1.3 Жизненный цикл 14
2.1.4 Распространение 16
2.1.5 Описторхоз 17
2.2 Характеристика микрорнк и генов микрорнк животных 18
2.2.1 Организация генов микроРНК 18
2.2.2 Эволюция микроРНК 20
2.2.3 Биогенез микроРНК 23
2.2.4 микроРНК вне клетки 28
2.2.5 Механизмы регуляции экспрессии белок-кодирующих генов с участием микроРНК
2.3 Методы выявления микроРНК и генов микроРНК 31
2.4 Методы поиска мРНК-мишеней для микроРНК 33
2.5 Данные о микроРНК плоских червей 37
3 Материалы и методы 40
3.1 Разведение плоских червей 40
3.2 выделение рнк 40
3.3 секвенирование 40
3.4 Биоинформатический анализ
3.4.1 Предсказание микроРНК 42
3.4.2 Анализ расположения микроРНК генов в геноме 43
3.4.3 Предсказание белок-кодирующих генов 44
3.4.4 Филогенетический анализ микроРНК плоских червей 44
3.4.5 Предсказание мРНК-мишеней 45
3.4.6 Анализ экспрессии микроРНК 45
3.5 Разработка праймеров 45
3.6 Полимеразная цепная реакция 46
3.7 Секвенирование по сэнгеру 47
3.8 Выделение рнк для цифровой капельной пцр 48
3.9 Синтез кднк 49
3.10 Цифровая капельная пцр 49
4 Результаты исследования 50
4.1 Результаты компьютерного предсказания микрорнк описторхид 50
4.2 Особенности организации микрорнк-генов 51
4.2.1 Микрорнк кластеры 52
4.2.2 Определение микроРНК-генов в геномах описторхид с использованием ПЦР 56
4.2.2.1 Кластер miR-71a/miR-2a/miR-2b/miR-2e 56
4.2.2.2 Кластер miR-71b/ miR-2f/miR-2d/miR-2с
4.2.3 Организация генов miR-1 и miR-133 60
4.2.4 Отсутствующий кластер 63
4.2.5 Интронные микроРНК
4.3 Сравнительный анализ микрорнк репертуара плоских червей 67
4.4 Компьютерное предсказание мрнк-мишеней для микрорнк 69
4.5 Анализ экспрессии микрорнк
5 Обсуждение 76
6 Заключение 83
7 Выводы 85
