Введение
Глава 1. Обзор литературы 10
1.1. Общая характеристика мобильных элементов 10
1.2.Ретроэлементы 11
1.3. ДНК- транспозоны 14
1.4. Влияние мобильных элементов на геном 16
1.5. Активность мобильных элементов 20
1.6. Распределение мобильных элементов в геномах эукариот и связь с половым размножением 24
1.7. Описание объекта исследования – Himasthla elongata (Trematoda,
Himasthlidae) 28
Глава 2. Материалы и методы 31
2.1. Сбор животных и выделение ДНК 31
2.2. Определение размера генома H.elongata 31
2.3. Метод S-SAP 32
2.4. Электрофорез в секвенирующем акриламидном и агарозном гелях 33
2.5. Клонирование консервативных и вариабельных фрагментов 34
2.6. Выявление фланкирующих последовательностей
2.7. Дот-гибридизация .35
2.8. Гибридизация по Саузерну с геномной ДНК H.elongata 36
2.9. Получение ядер и метафазных хромосом H. elongata для флуоресцентной гибридизация in situ (FISH) 37
2.10 Комбинированная окраска препаратов хромомицином А3 (CMA3) и DAPI
2.11. Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) .39
2.12. Флуоресцентная микроскопия .39
2.13. Секвенирование транскриптома H.elongata .39
2.14. Компьютерные методы анализа 40
ГЛАВА 3. Результаты .41
3.1. Размер генома H.elongata .41
3.2. Генотипирование церкарий методом S-SAP: анализ консервативных и полиморфных фрагментов 43
3.3. Вклад клонированных фрагментов в формирование паттернов S-SAP .48
3.4. Описание кариотипа H. elongata 51
3.5. Распределение найденных мобильных элементов в геноме .56
3.6. Анализ транскриптов, соответствующих клонированным фрагментам .61
ГЛАВА 4. Обсуждение результатов 66
Выводы .77
Список используемой литературы
