Введение
Глава 1. Модельное уравнение внутренней динамики молекулы ДНК 18
1.1. Модель, описывающая вращательные движения оснований в однородных полинуклеотидных цепочках молекулы ДНК 18
1.2. Кинк как модель локального конформационного возмущения в молекуле ДНК 24
1.3.Физические характеристики кинка в однородных полинуклеотидных цепочках молекулы ДНК 28
1.4. Параметры вращательных колебаний оснований в однородных полинуклеотидных цепочках ДНК 32
1.5. Основные результаты 34
Глава 2. Исследование динамики кинка в ДНК под действием диссипации и нестационарной внешней силы 36
2.1. Скорость движения кинка в нестационарном внешнем поле с учетом диссипации 37
2.2. Движение кинка в поле гармонической силы в условиях диссипации 41
2.3. Движение кинка под действием эффектов диссипации и внешнейсилы вида ступенчатой функции 44
2.4. Особенности движения кинка вдоль молекулы ДНК 49
2.4.1. Движение кинка в однородных полинуклеотидных цепочках в условиях диссипации и действия периодической внешней силы 49
2.4.2. Движение кинка в однородных полинуклеотидных цепочках в условиях диссипации и действия постоянной внешней силы 54
2.4.3. Движение кинка в однородных полинуклеотидных цепочках в условиях диссипации 58
2.4.4. Оценка времени жизни и длины пути кинка в однородных полинуклеотидных цепочках ДНК 60
2.4.5. Движение кинка в однородных полинуклеотидных цепочках под действием постоянной внешней силы 62
2.4.6. Оценка критического значения внешней силы FKpum 64
2.5. Основные результаты 67
Глава 3. Динамика кинка с среде со случайной силой и диссипацией 68
3.1. Уравнение Фоккера-Планка для функции распределения импульса кинка 69
3.2. Нелинейное уравнение Фоккера-Планка 75
3.3. Основные результаты 80
Глава 4. Особенности динамики кинка в неоднородной молекуле ДНК 82
4.1. Модель неоднородной ДНК 84
4.2. Физические характеристики кинка в неоднородных полинуклеотидных цепочках молекулы ДНК 85
4.3. Динамика кинка в бинарных полинуклеотидных последовательностях 86
4.4. Динамика кинка в реальных последовательностях промоторов бактериофага Т7 97
4.5. Основные результаты 101
Заключение 102
Литература 104
