Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1. Процессы агрегации бактерий рода Azospirillum и адсорбции на корнях растений 11
1.2. Структура липополисахарида бактерий рода Azospirillum 15
1.3. Межклеточные взаимодействия и участие в них липополисахаридов 18
1.4. Экспериментальное моделирование межклеточных взаимодействий 21
1.5. Молекулярное моделирование 28
1.5.1. Молекулярная механика и метод минимизации потенциальной энергии 30
1.5.2. Молекулярная динамика 35
1.5.3. Реализация расчетных методов в компьютерной программе HyperChem 42
Глава 2. Материалы и методы исследований 45
2.1. Бактериальная культура 45
2.2. Растительная культура 45
2.3. Выделение липополисахаридов 45
2.4. Методика очистки препарата липополисахарида от белка 46
2.5. Методика приготовления липосом 46
2.6. Определение размеров ассоциатов липосом 47
2.7. Определение размеров липосом 49
2.8. Регистрация адсорбции липосом на корнях пшеницы 52
2.9. Определение концентрации метиленового синего в липосомах и экстрактах корней пшеницы 52
2.10. Оценка влияния Ы-ацетил-О-глюкозамина на адсорбцию экспериментальных моделей на корнях пшеницы 53
2.11. Методика выделения растительных полисахаридов 53
2.12. Приготовление гидрозоля наночастиц диоксида кремния 56
2.13. Регистрация адсорбции наночастиц на корнях пшеницы 56
2.14. Определение концентрации флуоресцеин-натрия в липосомах 57
2.15. Определение концентрации индолил-3-уксусной кислоты в липосомах 57
2.16. Методика определения длины колеоптилей 58
2.17. Измерение поверхностного натяжения 58
2.18. Статистический анализ 61
2.19. Принципы работы программного комплекса HyperChem с учетом применения модифицированных методов 61
2.19.1. Алгоритм графического изображения молекулярных структур в коммерческой программе HyperChem 61
2.19.2. Алгоритм оптимизации геометрии молекулы и выбора наиболее энергетически выгодной конформации 62
2.19.3. Краткое описание программы поиска стабильной конформации молекулы в гетерогенной среде 63
2.20, Компьютерное моделирование динамики полисахарид-полисахаридного взаимодействия 67
Глава 3. Молекулярное моделирование поверхности грамотрицательных бактерий azospirillum brasilense SP245 68
3.1. Модификация метода расчета энергии сольватации химического соединения на границе раздела фаз вода-липид 69
3.2. Экспресс-метод расчета дипольного момента произвольной молекулы 72
3.3 Результаты моделирования поверхности грамотрицательных бактерий Azospirillum brasilense Sp245 и их обсуждение 75
Глава 4. Экспериментальное и компьютерное моделирование процесса агрегации бактерий azospirillum brasilense sp245 86
Глава 5. Исследование процесса адсорбции экспериментальных моделей на поверхности корней пшеницы 94
Глава 6. Применение модельных систем для доставки химических веществ к корням растений 101
выводы 111
список литературы 112
