Введение
ГЛАВА 1. Моделирование взаимодействия ДНК с липидами и методами молекулярной механики 9
1.1. Экспериментальные свидетельства в пользу существования комплексов ДНК с липидами 9
1.2. Методика расчета 11
1.3. Результаты расчетов 14
1.3.1. Взаимодействие ДНК - транс-олеиновая (элаидиновая) кислота по данным молекулярной механики 14
1.3.1.1. Зависимость энергии комплексов (АТ)„ - транс-оле от длинны цепочки (п) 15
1.3.1.2. Зависимость энергии комплексов ДНК-транс-оле от состава ДНК и расположения транс-олеиновой кислоты в малой и большой бороздках 17
1.3.2. Зависимость структуры и стабильности комплексов олигомеров ДНК от составов жирной кислоты и ДНК 23
1.3.3. Моделирование взаимодействия ДНК с холестерином и его жирнокислотными эфирами методом молекулярной механики 33
1.3.3.1. Экспериментальные свидетельства в пользу взаимодействия холестерина и ДНК 33
1.3.3.2. Компьютерное моделирование структуры и стабильности комплексов ДНК с холестерином и его эфирами 40
ГЛАВА II. Взаимодействие днк с липидами по данным метода молекулярного докинга 5 5
2.1. Метод докинга и программа Autodock 3.0 57
2.1.1. Моделирование докинга 5 8
2.1.2. Построение решетки 60
2.1.3. Энергия ван-дер-ваальсова взаимодействия 61
2.1.4. Моделирование водородных связей 67
2.1.5. Карты электростатического потенциала на решетке 67
2.2. Результаты расчетов 70
ГЛАВА III. Взаимодействие однонитевых днк с углеродными нанотрубками по данным метода молекулярного докинга 83
3.1. Метод расчета 8 5
3.2. Результаты расчетов 88 Выводы 99
Основные результаты и выводы 100
Список литературы 102
