Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературных данных 10
1.1 Нуклеиновые кислоты, их структура, функции, значение 10
1.2. Кофеин, его биологическое действие и физические свойства 21
1.2.1. «Прямые» действия кофеина 22
1.2.2. «Побочные» действия кофеина 26
1.2.3. Взаимодействие кофеина с нуклеиновыми кислотами 27
1.2.4. Самоассоциаиии молекул кофеина 28
1.2.5. Гетероассоциации кофеина с другими молекулами 30
1.3. Взаимодействие ДНК с биологически активными соединениями 35
Заключение 50
ГЛАВА 2. Методика расчетов и геометрия молекул 51
2.1. Метод молекулярной механики 51
2.2. Описание модельной системы. Геометрия кофеина и фрагментов ПК 55
2.4. Описание компьютерных программ 60
Глава 3. Уточнение параметров потенциальных функций и расчет минимумов энергии взаимодействия оснований 66
3.1. Уточнение параметров потенциальных функций 66
3.2. Расчет минимумов энергии взаимодействия оснований 71
3.2.1. Пары оснований с двумя N-H...N и (или) N-H...0 водородными связями 71
3.2.2. Минимумы энергии, отвечающие парам оснований с одной N-H...N или N-H...0 и одной слабой С-Н...0 илиС-H...N водородными связями 76
3.2.3. Стэкинг оснований. Минимумы энергии, отвечающие почти параллельному расположению
молекул 77
3.2.4. Минимумы энергии, отвечающие существенно не плоскому расположению оснований 80
Заключение 83
ГЛАВА 4. Взаимодействия кофеина с фрагментами нуклеиновых кислот 84
4.1. Самоассоциаиии молекул кофеина 84
4.2. Взаимодействие кофеина с основаниями нуклеиновых кислот 91
4.2.1. Стэкинг кофеин-основание 91
4.2.2. Плоские ассоциаты кофеина с основаниями 93
4.2.3. Минимумы, соответствующие почти перпендикулярному положению плоскостей кофеина и основания 95
4.2.4. Связывание кофеина с основаниями через атомы, не участвующие в формировании комплементарных пар 96
4.3. Взаимодействия кофеина с комплементарными парами. Возможные схемы связывания кофеина с ДНК в гликозидном и негликозидном желобах двойной спирали 99
4.4. Взаимодействие кофенна с фрагментами двойной спирали ДНК /02
4.4.1. Минимумы энергии взаимодействия, отвечающие образованию водородных связей кофеина с атомными группами широкого желоба 102
4.4.2. Минимумы энергии взаимодействия, отвечающие образованию водородных связей кофеина с атомными группами узкого желоба 106
Заключение 109
Выводы 111
Список использованной литературы
