ВВЕДЕНИЕ............................................................................................................. 4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ................................................................... 15
1.1 Инактивация Х-хромосомы как эпигенетическое явление ..................... 15
1.2 Микроструктурные перестройки и инактивация Х-хромосомы............. 22
1.2.1 Вариации числа копий участков ДНК .................................................... 22
1.2.2 Инактивация Х-хромосомы как критерий патогенности CNV............ 31
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ...................... 40
2.1. Дизайн исследования.................................................................................. 40
2.2 Характеристика исследуемых групп.......................................................... 41
2.3. Молекулярно-цитогенетические и молекулярно-генетические методы
исследования ...................................................................................................... 43
2.3.1. Выделение ДНК фенол-хлороформным методом ................................ 43
2.3.2. ПЦР-анализ наличия гена SRY................................................................ 45
2.3.3. Мультиплексный ПЦР-анализ 26-ти полиморфных локусов геномной
ДНК...................................................................................................................... 45
2.3.4. Метил-чувствительная ПЦР высокополиморфного экзона I гена
рецептора андрогена (AR) и фрагментный анализ......................................... 46
2.3.5. Матричная сравнительная геномная гибридизация (array Comparative
Genomic Hybrydization, aCGH) ......................................................................... 49
2.3.6. Количественная полимеразная цепная реакция (ПЦР) в режиме
реального времени (quantitative Real-Time PCR, qPCR)................................ 55
2.3.7. Мультиплексная лигазная реакция (multiplex ligation‐dependent probe
amplification - MLPA)......................................................................................... 58
2.3.8. Таргетное секвенирование генов XIST и XACT..................................... 59
2.3.9. Анализ метилирования в регионах делеции с помощью массового
параллельного секвенирования и бисульфитной модификации................... 61
2.3.10. Использованные электронные ресурсы и базы данных..................... 63
2.3.11. Биоинформационные ресурсы и статистический анализ данных..... 64
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ............................................... 66
3.1. Анализ характера инактивации Х-хромосомы ........................................ 66
3.1.1 Анализ характера инактивации Х-хромосомы у женщин с
невынашиванием беременности....................................................................... 66
3.1.2 Исследование статуса инактивации Х-хромосомы у спонтанных
абортусов............................................................................................................. 69
3.2. Идентификация патогенных вариантов в генах XIST и XACT с
использованием целевого секвенирования нового поколения ..................... 71
3.3. Поиск вариаций числа копий ДНК у женщин и спонтанных абортусов с
sXCI ..................................................................................................................... 74
3.4. Анализ патогенетически значимых CNV в контрольной выборке
женщин без проблем с репродукцией.............................................................. 80
3.5. Сегрегационный анализ Х-сцепленных CNV.......................................... 81
3.5.1 Дупликации в регионе Xq28 .................................................................... 81
3.5.2. Делеции на Х-хромосоме ........................................................................ 87
3.6 Определение статуса инактивации Х-хромосомы с
несбалансированными хромосомными мутациями у женщин-носительниц и
у спонтанных абортусов.................................................................................... 99
3.7 Алгоритм диагностики Х-сцепленных CNV у женщин с
невынашиванием беременности..................................................................... 103
ЗАКЛЮЧЕНИЕ................................................................................................. 108
ВЫВОДЫ............................................................................................................ 112
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ............................................................................. 113
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ............................................................................... 115
ПРИЛОЖЕНИЕ А............................................................................................. 133
