Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1.1 Характеристика возбудителей сапа и мелиоидоза 11
1.2 Устойчивость патогенных буркхольдерий к антимикробным соединениям 17
1.3 Механизмы устойчивости бактерий к антибиотикам р-лактамной группы 19
1.4 Бактериальные Р-лактамазы: классификация, функциональная роль и молекулярный анализ 23
1.5 Р-лактамазы патогенных буркхольдерий 45
ГЛАВА 2. Материалы и методы 50
2.1 Штаммы микроорганизмов рода Burkholderia, использованные в работе, питательные среды и условия культивирования 50
2.2 Антимикробные препараты и методы определения чувствительности 52
2.3 Выделение геномной ДНК 52
2.4 Методы анализа геномных последовательностей 53
2.5 Постановка полимеразной цепной реакции 54
2.6 Методы детекции продуктов амплификации ДНК 55
2.7 Статистическая обработка данных 56
ГЛАВА 3. Конструирование олигонуклеотидных праймеров для пнр-детекции последовательностей генов р-лактамаз патогенных буркхольдерий 57
3.1 Сравнительная характеристика нуклеотидных последовательностей генов р-лактамаз и их предполагаемых продуктов 57
3.2 Выбор консервативных дифференцирующих участков нуклеотидных последовательностей р-лактамаз классов А, В и D и конструирование олигонук-леотидных праймеров для их детекции 64
ГЛАВА 4. Анализ распространенности р-лактамаз классов а, в и d в геномах патогенных буркхольдерий 67
4.1 ПНР-детекция последовательностей генов р-лактамаз в коллекционных штаммах патогенных буркхольдерий и гетерологичных микроорганизмов 67
4.2 Анализ эффективности использования сконструированного набора олигонуклеотидов в формате мультилокусной ПНР 71
4.3 Использование сконструированных олигонуклеотидов для молекулярно-генетического анализа штаммов буркхольдерий с изменённой чувствительностью к антибиотикам 73
ГЛАВА 5. Разработка алгоритмов анализа полиморфизма генов р-лактамаз патогенных буркхольдерий сиспользованием технологии плавления ампликонов с высоким разрешением (high resolution melting, HRM) 76
5.1 HRM-анализ полиморфизма генов Р-лактамаз в штаммах буркхольдерий группы «pseudomallei» и гетерологичных микроорганизмов 77
5.2 HRM-анализ полиморфизма генов р-лактамаз исходных и мутантных штаммов буркхольдерий с изменённой чувствительностью к антибиотикам 83
Заключение 90
Выводы 99
Список сокращений и условных обозначений 100
Список литературы
