Введение
Глава 1. Обзор литературы 8
1.1. Характеристика полиовируса и организация его генома 8
1.1.1. 5-нетранслируемая область 11
1.1.2. Кодирующая часть генома. Протеолиз и репликация вируса 15
1.1.3. З-нетранслируемая область 20
1.2. Молекулярная эволюция РНК-вирусов 21
і .2.1. Основные понятия и механизмы молекулярной эволюции вирусов 21 1.2.2. Методы эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей.27
1.2.2.1. Методы, основанные на матрице расстояний 28
1.2.2.2. Методы, основанные на первичных данных 29
1.2.2.3. Методы оценки статистической достоверности топологий получаемых дендрограмм 30
1.3. Молекулярная эпидемиология полиомиелита 31
1.3.1. Методы молекулярной эпидемиологии 32
1.3.2. Географическое распределение полиовирусов и особенности их
циркуляции 35
1.3.2.1. Генотипы полиовирусов. Одновременная циркуляция разных генотипов 35
1.3.2.2. Занос (импорт) генотипов в другие географические регионы.37
1.4. Вакцинно-ассоциированный полиомиелит 38
1.5. Общая вариабельная иммунная недостаточность (ОВИН) 42
Глава 2. Материалы и методы 44
2.1. Описание диких штаммов полиовируса 44
2.2. Описание штаммов, выделенных от больного иммунодефицитом 46
2.3. Нуклеотидные последовательности. GeneBank коды 47
2.4. Выделение и типирование вирусов 48
2.5. Выделение тотальной РНК 49
2.6. Праймеры 49
2.7. Обратная транскрипция 50
2.8. Амплификация фрагментов вирусного генома методом ПЦР и подготовка ДНК-матрицы к секвенированию 51
2.9. Электрофорез 51
2.10. Секвенирование ДНК 52
2.10.1. Получение радиоактивно-меченных олигодезоксинуклеотидов 52
2.10.2. Получение флюоресцентно-меченных олигодезоксинуклеотидов 53
2.10.3. Разделение олигодезоксинуклеотидов 53
2.11. Компьютерный анализ полученных нуклеотидных последовательностей 54
2.11.1. Построение дендрограмм последовательностей 54
2.11.2. Регрессионный анализ 55
2.11.3. Анализ вторичной структуры РНК 56
2.11.4. Анализ мутаций в синонимических и несинонимических сайтах 56
2.11.5. Статистический анализ редких кодонов 57
Глава 3. Результаты 59
3.1. Общая характеристика двух полиовирусных популяций 59
3.2. Характер фиксации мутаций 62
3.3. Ход эволюции в двух полиовирусных популяциях 65
3.4. Неравномерность скоростей фиксации мутаций в эволюции разных участков вирусного генома 66
3.5. Неравномерность использования синонимичных кодонов 69
3.6. РНК-структура и неравномерность темпов эволюции на разных участках вирусного генома 74
3.7. Неравномерность хода молекулярных часов 75
Глава 4. Обсуждение результатов 78
4.1. Основные механизмы эволюции полиовирусной популяции 78
4.2. Неравномерные скорости эволюции разных участков генома и разных вирусных геномов 80
4.3. Нарушения хода молекулярных часов 85
4.4. Гипотетический сценарий вирусной эволюции в иммунодефицитном хозяине...88
4.5. Модель эволюции полиовируса и эпидемиология 89
Выводы 90
Список литературы
