Введение
Глава 1. Современное состояние проблемы исследования генетических аберраций в глиобластомах у детей (обзор литературы) 23
1.1. Глиобластомы у детей. Общие положения 23
1.2. Глиосаркомы у детей 25
1.3. Глиобластомы у детей младше 3 лет 26
1.4. Цитогенетические аберрации в глиобластомах 27
1.5. Мутации в глиобластомах 27
1.6. Эпигенетические события в глиобластомах 29
1.6.1. Модификации гистонов и ремоделирование хроматина в глиобластомах 32
1.7. Глиобластомы больших полушарий 35
1.7.1. Цитогенетические аберрации 35
1.7.2. Мутации 35
1.8. Глиобластомы зрительного бугра 36
1.9. Глиобластомы ствола головного мозга з
1.9.1. Цитогенетические аберрации 39
1.9.2. Мутации 39
1.10. Глиобластомы мозжечка 39
1.11. Глиобластомы спинного мозга 40
1.12. Заключение 40
Глава 2. Материал и методы исследования 42
2.1. Общая характеристика клинического материала 42
2.1.1. Характеристика нейрохирургических методов лечения 44
2.1.2. Глиобластомы больших полушарий головного мозга 46
2.1.2.1. Характеристика опухолей по данным КТ и МРТ... 46
2.1.2.2. Показания к операции 48
2.1.2.3. Особенности операции и интраоперационная морфология 48
2.1.3. Глиобластомы подкорковых узлов 49
2.1.3.1. Характеристика опухолей по данным КТ и МРТ... 49
2.1.3.2. Показания к операции 51
2.1.3.3. Особенности операции и интраоперационная морфология 51
2.1.4. Глиобластомы ствола головного мозга 52
2.1.4.1. Характеристика опухолей по данным КТ и МРТ 52
2.1.4.2. Показания к хирургическому лечению 52
2.1.4.3. Особенности операции и интраоперационная морфология 54
2.1.5. Глиобластомы задней черепной ямки 54
2.1.5.1. Характеристика опухолей по данным КТ и МРТ 54
2.1.5.2. Показания к операции 54
2.1.5.3. Особенности операции и интраоперационная морфология 55
2.1.6. Глиобластомы спинного мозга 57
2.1.6.1. Характеристика опухолей по данным КТи МРТ 57
2.1.6.2. Показания к операции 57
2.1.6.3. Особенности операции и интраоперационная морфология 57
2.2. Характеристика методов адъювантного лечения нейрохирургических больных с глиобластомами 59
2.3. Формирование групп для исследования биологии глиобластом у нейрохирургических больных 61
2.4. Катамнестические данные у нейрохирургических больных с глиобластомами 66
2.5. Методы исследования биологии глиобластом у нейрохирургических больных 67
2.5.1. Морфологическое исследование глиобластом 67
2.5.2. Иммуногистохимическое исследование глиобластом 68
2.5.2.1. Методика иммуногистохимического исследования.69
2.5.3. Флуоресцентная гибридизация in situ в глиобластомах 70
2.5.3.1. Методика флуоресцентной гибридизации in situ.. 71
2.5.4. Сравнительная геномная гибридизация глиобластом 73
2.5.4.1. Методика сравнительной геномной гибридизации..74
2.5.4.2. Анализ результатов сравнительной геномной гибридизации 76
2.5.5. Полное экзомное секвенирование глиобластом 77
2.5.5.1. Методика полного экзомного секвенирования 78
2.5.5.2. Анализ результатов полного экзомного секвенирования 81
2.5.6. Метиляционное профилирование ДНК в глиобластомах 81
2.5.6.1. Основные методы бисульфитного секвенирования..82
2.5.6.2. Методика метиляционного профилирования ДНК с использованием Illumina HumanMethylation450 BeadChip 83
2.5.6.3. Анализ данных метиляционного профилирования..84
2.5.6.4. Оценка статуса метилирования гена MGMT в глиобластомах 85
2.5.7. Полимеразная цепная реакция в исследовании глиобластом 86
2.5.8. Прямое секвенирование глиобластом 88
2.5.9. Статистический анализ выживаемости у нейрохирургических больных с глиобластомами 89
Глава 3. Результаты исследования биологии глиобластом у нейрохирургических больных 90
3.1. Морфологическая и молекулярная дифференциальная диагностика низкодифференцированных злокачественных опухолей головного мозга у детей 90
3.2. Выявление генетических нарушений в глиобластомах методами Illumina HumanMethylation450 BeadChip, сравнительной геномной гибридизации (array-based omparative genomic hybridization a-CGH) и флуоресцентной гибридизации in situ (Fluorescence in situ hybridization FISH) 118
3.2.1. Выявление генетических нарушений в глиобластомах методом Illumina HumanMethylation450 BeadChip 118
3.2.2. Выявление генетических нарушений в глиобластомах методом сравнительной геномной гибридизации 126
3.2.3. Выявление генетических нарушений в глиобластомах методом флуоресцентной гибридизации in situ 133
3.2.4. Связь выявленных в глиобластомах цитогенетических аберраций с гистологической картиной опухоли 136
3.3. Выявление в глиобластомах мутаций генов методами полного экзомного секвенирования (Whole exome sequencing WES) и прямого секвенирования (Direct sequencing), выявление мутантных протеинов методом иммуногистохимического исследования, выявление эпигенетических нарушений в методом метиляционного анализа ДНК (DNA methylation profiling) 137
3.3.1. Анализ мутаций генов в глиобластомах методом полного экзомного секвенирования 137
3.3.2. Анализ мутаций генов H3F3A, IDH1 и BRAFB глиобластомах методом прямого секвенирования 137
3.3.3. Иммуногистохимическое выявление мутантных протеинов К27М, IDH1 и BRAF в глиобластомах 144
3.3.4. Выявление эпигенетических нарушений методом метиляционного анализа ДНК 146 3.3.5. Кластерный анализ результатов, полученных при изучении эпигенома детских глиобластом 154
3.3.6. Статистический анализ выживаемости нейрохирургических
больных с глиобластомами 156
3.3.6.1. Регрессивная модель Кокса 161
3.3.7. Клинико-молекулярная стратификация глиобластом 162
Глава 4. Обсуждение полученных результатов 165
4.1. Клинико-морфологическое сопоставление полученных аберраций и их прогностическое значение в глиобластомах у нейрохирургических больных 165
4.2. Биологическое значение выявленных в глиобластомах генетических аберраций и мутаций генов и их роль для таргетной терапии опухолей у нейрохирургических больных 175
Заключение 197
Выводы 210
Практические рекомендации 213
Список литературы
