Введение
Глава 1. Современные аспекты молекулярной эпидемиологии туберкулеза (обзор литературы) 17
1.1 Бремя глобального туберкулеза и современная ситуация в регионах России 17
1.2 Достижения современной молекулярной эпидемиологии туберкулеза 27
1.2.1 Молекулярно-биологические методы, используемые в эпидемиологических исследованиях возбудителя туберкулеза 27
1.2.2 Сценарии происхождения и направление эволюции МБТ 35
1.3 Лекарственная устойчивость и трансмиссивность успешных современных клонов МБТ 46
1.4 Распространенность различных генотипов МБТ у больных ТБ - ВИЧ 55
1.5 Распространенность различных генотипов МБТ в Северной Азии и прилежащих к ней регионов Азии и Европы 59
Глава 2. Материалы и методы 72
2.1. Материалы исследования 73
2.2. Методы исследования 78
Описательные методы 80
Аналитические методы 81
Молекулярно-генетические и филогенетические методы 82
Статистические методы 88
Глава 3. Сравнительный анализ многолетней динамики эпидемического процесса туберкулеза на изучаемых территориях Северной Азии 90
3.1 Анализ эпидемиологической ситуации по туберкулезу в изучаемом регионе Северной Азии 90
3.2 Анализ эпидемиологической ситуации по туберкулезу в изучаемых регионах Сибирского федерального округа 93
3.3 Анализ эпидемиологической ситуации по туберкулезу в изучаемых регионах Дальневосточного федерального округа 97
Глава 4. Эпидемиологический мониторинг популяции М tuberculosis в Северной Азии 101
4.1 Общая характеристика гетерогенности популяции M. tuberculosis 101
4.2 Результаты эпидемиологического мониторинга популяции возбудителя туберкулеза в Иркутской области 112
4.3 Результаты эпидемиологического мониторинга популяции возбудителя туберкулеза в Саха (Якутии) 119
4.4 Результаты эпидемиологического мониторинга популяции возбудителя туберкулеза в Бурятии и Агинском АО Забайкальского края 123
5 Молекулярно-генетическая характеристика МЛУ туберкулеза на изучаемых территориях 129
5.1 Изучение роли различных клонов M. tuberculosis в распространении МЛУ туберкулеза 129
5.2 Выборочные исследования мутаций, ассоциированных с резистентностью к противотуберкулезным препаратам 142
5.3 Разработка ПЦР-РВ экспресс метода для выявления субтипа СС2/W148 генотипа Beijing 6 148
Глава 6. Эпидемиологическая оценка резервуара инфекции туберкулеза, сочетанного с ВИЧ инфекцией 154
6.1 Проявления эпидемического процесса ВИЧ-ассоциированного туберкулеза на изучаемых территориях Северной Азии 154
6.2 Изучение роли различных генотипов M. tuberculosis в распространении сочетанной патологии ВИЧ-ТБ на изучаемых территориях 164
7 Молекулярно-эпидемиологическое моделирование происхождения и распространения современных клонов M. tuberculosis на территории Северной Азии 175
7.1 Моделирование распространения эпидемически значимых клонов M. tuberculosis в Северной Азии по молекулярно-генетическим данным 175
7.2 Обоснование концепции возникновения и поддержания эпидемического резервуара инфекции «успешными» клонами M. tuberculosis в Северной Азии 188
Заключение 203
Выводы 215
Практические рекомендации 217
Перспективы дальнейшей разработки темы 219
Список сокращений 221
Словарь терминов 223
Список литературы 224
Приложение 260
