Введение
1 Обзор литературы 10
1.1 Общая характеристика Neisseria gonorrhoeae 10
1.2 Гонококковая инфекция . 14
1.2.1 Основные факторы патогенности и патогенез гонореи 14
1.2.2 Эпидемиология 19
1.2.3 Лечение. Проблема лекарственной устойчивости 20
1.3 Внутривидовая вариабельность N. gonorrhoeae и гетерогенность популяции 25
1.3.1 Морфологический полиморфизм гонококков 25
1.3.2 Физиологическая и серологическая гетерогенность гонококков 27
1.3.3 Фенотипическая гетерогенность гонококков. Лекарственная устойчивость 29
1.3.3.1 Формирование устойчивости к различным классам антимикробных препаратов 30
1.3.3.2 Методы оценки лекарственной устойчивости возбудителя. Анализ генетических маркеров 40
1.3.4 Современные подходы к оценке гетерогенности популяции N. gonorrhoeae 45
1.3.4.1 /?ог-типирование 46
1.3.4.2 Типирование мультилокусным секвенированием 48
1.3.4.3 Прямое белковое профилирование с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии 50
2 Материалы и методы 53
2.1 Бактериальные штаммы 53
2.2 Прямое белковое профилирование штаммов N. gonorrhoeae 54
2.2.1 Бактериальные клетки 54
2.2.2 Экстракция белков (грубый лизис бактериальных клеток) 54
2.2.3 Сокристализация матрицы и аналита 54
2.2.4 Масс-спектрометрический анализ 55
2.2.5 Интерпретация масс-спектров 56
2.3 Генетический анализ штаммов N. gonorrhoeae 57
2.3.1 Выделение тотальной ДНК N. gonorrhoeae 57
2.3.2 Амплификация фрагментов генома N. gonorrhoeae 57
2.3.3 Подготовка продуктов амплификации для дальнейшего анализа 61
2.3.4 Минисеквенирование и масс-спектрометрический анализ продуктов реакции 61
2.3.5 Секвенирование фрагментов генов рог, рагС, «домашнего хозяйства» 65
2.3.6 Анализ нуклеотидных последовательностей генов рог, рагС, «домашнего хозяйства» 66
2.4 Математический анализ данных 66
3 Результаты 68
3.1 Коллекция образцов ДНК клинических штаммов N. gonorrhoeae 68
3.2 Прямое белковое профилирование штаммов N. gonorrhoeae 68
3.3 Анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости N. gonorrhoeae 78
3.4 Типировапие штаммов N. gonorrhoeae и оценка гетерогенности популяции 89
3.4.1 /?ог-типирование 89
3.4.2 Типирование мультилокусным секвенированием 94
4 Обсуждение 98
4.1 Коллекция образцов ДНК клинических штаммов N.gonorrhoeae 98
4.2 Прямое белковое профилирование 98
4.3 Анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости N. gonorrhoeae 103
4.4 Типирование штаммов N. gonorrhoeae и оценка гетерогенности популяции. 109
5 Заключение 116
6 Выводы 117
7 Список литературы 119
8 Приложение
