ВВЕДЕНИЕ...................................................................................................................... 5
Актуальность темы исследования.............................................................................. 5
Цель и задачи исследования ....................................................................................... 9
Научная новизна........................................................................................................... 9
Теоретическая и практическая значимость работы................................................ 10
Методология и методы исследования...................................................................... 11
Место выполнения работы и личный вклад соискателя в получение результатов
исследования............................................................................................................... 11
Основные положения, выносимые на защиту......................................................... 12
Публикации................................................................................................................. 14
Объем и структура диссертации............................................................................... 14
ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ............................................................................... 15
1.1 Эпидемиологическая обстановка по природно-очаговым и острым
кишечным инфекциям в Ставропольском крае в 2016–2022 гг............................ 15
1.2 Методы молекулярного-генетического типирования микроорганизмов ... 21
1.2.1 Методы молекулярно-генетического типирования бактерий ...................... 22
1.2.2 Методы молекулярно-генетического типирования вирусов........................ 29
1.2.3 Способы идентификации геновариантов возбудителей природно-очаговых
и острых кишечных инфекций, актуальных для территории Ставропольского
края .............................................................................................................................. 31
1.3 Применение методов молекулярного-генетического типирования при
проведении микробиологического мониторинга ................................................... 38
1.4 Заключение по обзору литературы .................................................................... 40
ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ..................................... 43
2.1 Материал для идентификации генетических вариантов возбудителей
природно-очаговых и острых кишечных инфекций............................................... 43
2.2 Микробиологические методы............................................................................. 46
2.3 Выделение ДНК и РНК ....................................................................................... 47
3
2.4 Детекция НК возбудителей природно-очаговых и острых кишечных
инфекций..................................................................................................................... 47
2.5 Идентификация геновариантов возбудителей природно-очаговых инфекций
...................................................................................................................................... 48
2.6 Субвидовое типирование возбудителей острых кишечных инфекций.......... 53
2.7 Биоинформатический и статистический анализ............................................... 55
2.8 Картографический анализ................................................................................... 55
ГЛАВА 3 ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ПРОФИЛИРОВАНИЕ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ
ПРИРОДНО-ОЧАГОВЫХ ИНФЕКЦИЙ, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА
ТЕРРИТОРИИ СТАВРОПОЛЬСКОГО КРАЯ........................................................... 57
3.1 Генетическое типирование штаммов Francisella tularensis............................. 57
3.2 Идентификация генетических вариантов вируса Крымской-Конго
геморрагической лихорадки...................................................................................... 66
3.2.1 Генетическая идентификация вариантов вируса Крымской-Конго
геморрагической лихорадки на основе секвенирования фрагментов S, M и L
сегментов генома вируса ........................................................................................... 66
3.2.2 Полногеномное секвенирование штаммов вируса Крымской-Конго
геморрагической лихорадки, выделенных на территории Ставропольского края
в 2016–2022 гг............................................................................................................. 75
3.3 Идентификация геновидов риккетсий группы клещевых пятнистых
лихорадок.................................................................................................................... 78
3.4 Генетическое типирование изолятов ДНК Coxiella burnetii............................ 80
3.5 Идентификация геновидов боррелий................................................................. 81
3.6 Генетическая идентификация ортохантавирусов ............................................. 83
3.7 Генетическая идентификация вируса Западного Нила.................................... 88
ГЛАВА 4 ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ПРОФИЛИРОВАНИЕ ШТАММОВ
ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ, ВЫЯВЛЕННЫХ НА
ТЕРРИТОРИИ СТАВРОПОЛЬСКОГО КРАЯ........................................................... 90
4.1 MLVA-5 типирование штаммов Salmonella enterica серовар Enteritidis........ 90
4.2 Молекулярное типирование РНК-изолятов рота-, норо-, энтеровирусов...... 93
4
ГЛАВА 5 ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО
АНАЛИЗА ПРИ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОЙ РАСШИФРОВКЕ СЛУЧАЕВ
ИНФЕКЦИОННЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ В СТАВРОПОЛЬСКОМ КРАЕ................. 96
5.1 Создание базы данных генетических профилей возбудителей природноочаговых и острых кишечных инфекций, выявленных в Ставропольском крае 96
5.2 Применение методов молекулярно-генетического типирования для
эпидемиологической расшифровки вспышек и случаев заболевания ПОИ в
Ставропольском крае ................................................................................................. 99
5.2.1 Молекулярно-генетическое типирование штаммов Francisella tularensis,
изолированных в период вспышки туляремии в Петровском районе в 2017 г. .. 99
5.2.2 Генетическая идентификация культур Francisella tularensis,
изолированных в период вспышки туляремии в Петровском районе в 2022 г. 104
5.2.3 Молекулярно-генетическая идентификация РНК-изолята вируса ККГЛ,
вызвавшего летальный случай КГЛ в Андроповском районе в 2022 г.............. 107
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ........................................................................................................... 109
ВЫВОДЫ..................................................................................................................... 120
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ..................................................................... 122
ПЕРСПЕКТИВЫ ПРОДОЛЖЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЙ....................................... 123
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ......................................................................................... 124
СПИСОК ИСТОЧНИКОВ.......................................................................................... 126
Приложение 1 .............................................................................................................. 152
