Введение
2. Обзор литературы 11
2.1 Механ измы генетической рекомбинации РНК-содержащих вирусов 11
2.1.1 Репликативная модель смены матрицы 11
2.1.2 Модель разрыв-лигирование 35
2.1.3 Возможные механизмы нерепликативной рекомбинации 41
2.2 Структура 5-НТО вируса полиомиелита 56
3 Материалы и методы 62
3.1 Ферменты и реактивы 62
3.2 Плазмиды 62
3.3 Бактериальные штаммы 63
3.4 Синтетические олигонуклеотиды 64
3.5 Базовые методы молекулярного клонирования 65
3.6 Направляемый олигонуклеотидами мутагенез 70
3.7 Получение полноразмерных мутантных клонов полиовирусной кДНК. 72
3.8 Создание рабочих конструкций 74
3.9. Получение полноразмерных транскриптов. 82
3.10 Трансфекция монослоя культуры клеток. 84
3.11 Анализ вирусных клонов 85
3.12 Модификация 3-концевого нуклеотида РНК 5-фрагмента 89
4. Результаты 93
4.1 Конструирование 5-и 3 -фрагментов геномной РНК вируса полиомиелита 94
4.2 Неинфекционные фрагменты геномной РНК могут рекомбинировать с образованием инфекционного потомства 101
4.3 Влияние структуры 3-концевого нуклеотида 5-фрагмента на эффективность рекомбинации и распределение мест перекреста 105
4.4 Изучение возможного участия криптических рибозимов типа hammerhead в
рекомбинации между фрагментами РНК 109
5.Обсуждение результатов 124
5.1 Рекомбинация между фрагментами геномной РНК вируса полиомиелита идет по нерепликативному механизму 124
5.2 Механизм нерепликативной рекомбинации между фрагментами РНК . 132
5.2.1 Образование рекомбинантов, содержащих полную последовательность фрагмента 133
5.2.2 Участие криптических рибозимов типа hammerhead в нерепликативной рекомбинации между фрагментами РНК вируса полиомиелита 138
Выводы 141
Список литературы 142
