Введение
Глава 1. Обзор литературы.
Структура почвенного метагенома и методы ее изучения 9
Введение 9
1. Источники почвенной ДНК 13
2. Пространственная организация почвенного метагенома 17
3. Биоразнообразие почвенных микробных сообществ как результат воздействия селективных географических и физико-химических факторов среды 22
4. Влияние засоления на почвенное микробное сообщество 26
5. Современные филогенетические и таксономические аспекты исследования биоразнообразия 32
Глава 2. Объекты и методы исследования 48
1. Отбор почвенных образцов 48
2. Приготовление препарата почвенной ДНК
2.1. Выделение ДНК из почвы 52
2.2. Очистка препарата ДНК 3. Проведение количественной ПЦР 54
4. Секвенирование нуклеотидных последовательностей 55
5. Обработка результатов секвенирования 56
6. Анализ нуклеотидных последовательностей ампликонных библиотек 57
7. Использование статистических крнитериев для оценки достоверности различий средних и дисперсий 59
Глава 3. Результаты и обсуждение 61
1. Анализ численности и общих показателей биоразнообразия микробных сообществ 61
2. Анализ таксономической структуры микробных сообществ в условиях природного почвенного засоления 65
3. Анализ таксономической структуры микробных сообществ в условиях искусственного почвенного засоления 71
4. Сравнительный анализ таксономической структуры микробных сообществ в условиях природного и искусственного почвенного засоления 75
5. Разработка новых подходов для анализа структуры и динамики микробиома 77
5.1.Выявление экологических групп галофильных, галотолерантных и негалофиль ных микроорганизмов 78
5.2. Разработка и использование модели таксономического пространства (ТП) для reHal6SpPHK 81
Выводы 98
Заключение 99
Список литературы 102
