Введение
1. Аналитический обзор литературы 14
1.1. Поиск новых маркеров заболеваний для использования в диагностике и терапии 14
1.2. Методы масс-спектрометрии в протеомике 15
1.3. Биомаркеры онкологических заболеваний 26
1.3.1. Биомаркеры хронического лимфолейкоза человека 26
1.3.2. Биомаркеры рака легкого человека 28
1.4. Протеомное профилирование клеток крови для поиска биомаркеров онкологических заболеваний 28
1.5. Поиск биомаркеров с помощью аффинного обогащения аптамерами 33
2. Материалы и методы 36
2.1. Отбор и подготовка биологических проб 36
2.1.1. Клетки асцитной карциномы 37
2.1.2. Пробы лимфоцитов 37
2.1.3. Пробы опухолевых тканей 38
2.2. Выделение белков-мишеней аптамеров с помощью аффинного обогащения 38
2.3. Подготовка белковых проб к масс-спектрометрическому анализу 39
2.4. Масс-спектрометрический анализ белковых проб 42
2.4.1. УВЭЖХ 42
2.4.2. Масс-спектрометрия с помощью Orbitrap Velos Pro 43
2.4.3. Масс-спектрометрия с помощью Orbitrap Fusion 43
2.5. Идентификация белков по масс-спектрам и безметочный количественный анализ 44
2.5.1. Идентификация белков в программе Proteome Discoverer 44
2.5.2. Идентификация и количественный анализ белков в программе MaxQuant 45
2.6. Статистическая обработка протеомных профилей клеток 46
2.7. Статистическая обработка результатов аффинного обогащения с помощью аптамеров 48
3. Результаты и обсуждение 51
3.1. Протеомное профилирование лизатов клеток 51
3.1.1. Сравнение протеомных профилей лимфоцитов больных хроническим и острым лимфолейкозом 51
3.1.1.1. Первая серия экспериментов по протеомному профилированию лимфоцитов больных хроническим лимфолейкозом 52
3.1.1.2. Вторая серия экспериментов по протеомному профилированию лимфоцитов больных острым и хроническим лимфолейкозом 64
3.1.2. Сравнение протеомных профилей лимфоцитов больных раком легкого 80
3.2. Поиск биомаркеров с помощью аптамеров 86
3.2.1. Определение биомаркеров асцитной карциномы с помощью аптамеров 87
3.2.2. Определение биомаркеров рака легкого с помощью аптамеров 93
3.2.3. Итоги поиска биомаркеров с помощью аптамеров 102
3.3. Сравнение общего и целевого способов поиска биомаркеров 102
Заключение 105
Выводы 108
Список литературы 110
Благодарности 132
