Введение
Глава 1. Обзор литературы 10
1.1. Мотивы биологических последовательностей и их вхождения 10
1.2. Вероятностные модели 13
1.3. Методы вычисления -значения кластера вхождений мотива 16
1.4. Сходства биологических последовательностей 23
1.5. Затравки 28
Глава 2. Теоретическая основа алгоритма SufPref 32
2.1. Постановка задачи 32
2.2. Перекрытия слов в мотиве. Граф перекрытий 32
2.3. Среднее число перекрытий 37
2.4. Текстовые множества 46
2.5. Вероятности текстовых множеств 49
Глава 3. Алгоритм SufPref для вычисления / значения участка, содержащего кластер вхождений мотива 57
3.1. Алгоритм SufPref для моделей Бернулли 57
3.2. Алгоритм SufPref для СММ 62
3.3. Алгоритм SufPref для Марковских моделей 66
3.4. Предварительные построения 69
3.5. Анализ сложности алгоритма SufPref 73
Глава 4. Программная реализация алгоритма SufPref и ее апробация .83
4.1. Программная реализация алгоритма SufPref. 83
4.2. Сравнение программы SufPref с программой AhoPro 84
4.3. Оценка статистической значимости шаблонов неупорядоченных участков в белках 93
Глава 5. Построение классификационных затравок для нахождения локальных сходств аминокислотных последовательностей 97
5.1. Классификационные затравки. Основные определения 97
5.2. Классификационные алфавиты 100
5.3. Классификационные затравки 111
Заключение 117
Литература 119
