Введение
ГЛАВА 1.ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 8
1.1. Систематика рода Solarium и происхождение картофеля 8
1.1.1. Происхождение и систематика видов Solarium, относящихся к серии Tuberarium (Buk.) или Petota (Hawkes) 8
1.1.2. История культивируемых видов Solarium (картофеля) 11
1.2. Идентификация сортов и видов Solarium на основе морфологических признаков и биохимических маркеров 22
1.3. Методы ДНК генотипирования растений и их использование в генетике, селекции и семеноводстве культурных растений 25
1.3.1. Полиморфизм по длине рестрикционных фрагментов (Restriction Fragment Length Polymorphisms, RFLP) и его использование для генотипирования растений 26
1.3.2. Минисателлиты 28
1.3.3. Методы, основанные на полимеразной цепной реакции 29
1.3.3.1. Полиморфизм ДНК, амплифицированной случайным образом (Random Amplified Polymorphic DNA, RAPD) 30
1.3.3.2. Охарактеризованная последовательность амплифицированного участка ДНК (Sequence Characterized Amplified Region, SCAR) 33
1.3.3.3. Методы, основанные на полиморфизме микросателлитных последовательностей растительного генома 34
1.3.3.4. Последовательности между простыми повторяющимися последовательностями (Inter-Simple Sequence Repeats, ISSR) 42
1.3.4. Методы, занимающие промежуточное положение между методами, основанными на гибридизации, и PCR-методами 44
1.3.4.1. Полиморфизм по длине амплифицированных фрагментов (Amplified Fragment Length Polymorphisms, AFLP) 44
1.3.4.2. Методы, основанные на полиморфизме амплифицированных ретротранспозон-специфических последовательностей (Retrotransposon-based Sequence-Specific Amplification Polymorphism, SSAP) 48
1.3.4.3. Полиморфизм амплифицированных и отрестриктированных последовательностей (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence, CAPS) 49
1.4. Сравнительная оценка методов ДНК генотипирования 51
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 54
2.1. Растительный материал 54
2.2. Методы ДНК анализа 55
2.2.1. Выделение геномной ДНК из тканей растений 56
2.2.1.1. Приготовление растворов, используемых для выделения геномной ДНК 58
2.2.2. Условия проведения ПНР 59
2.2.3. Детекция продуктов реакции 60
2.3. Кластерный анализ 61
2.4. Анализ результатов полиморфизма умеренных повторов 64
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ 66
3.1. Воспроизводимость метода 66
3.2. Полиморфизм умеренных повторов среди видов Solarium 68
3.3. Полиморфизм умеренных повторов внутри видов Solarium 72
3.4. Изучение процесса интрогрессии генетического материала с помощью анализа полиморфизма умеренных повторов 75
3.5. Границы разрешения метода анализа полиморфизма умеренных повторов 81
4. ОБСУЖДЕНИЕ 82
4.1. Возможности использования метода анализа полиморфизма умеренных
повторов для изучения генетического разнообразия форм Solarium 82
4.2. Исследование межвидовых связей рода Solarium с помощью полиморфизма умеренных повторов и сравнительный анализ полученных результатов с данными фенотипической и молекулярной систематики Solarium, полученными другими авторами 85
4.3. Исследование полиморфизма умеренных повторов у разных форм S. tuberosum и сравнение полученных результатов с селекционной историей сортов 96
4.3.1. Исследование полиморфизма умеренных повторов у раннеспелых сортов картофеля и сравнительный анализ полученных результатов с их родословными 102
4.3.2. Исследование полиморфизма умеренных повторов у сортов картофеля, в селекции которых участвовал S. stoloniferum 105
4.3.3. Исследование полиморфизма умеренных повторов у сортов картофеля, в селекции которых участвовал S. chacoense 106
4.3.4. Исследование полиморфизма умеренных повторов у американских сортов картофеля и сравнительный анализ полученных результатов с их родословными 108
4.3.5. Исследование полиморфизма умеренных повторов у нематодоустойчивых сортов картофеля и сравнительный анализ полученных результатов с их родословными 114
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 116
ВЫВОДЫ 118
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 119
ПРИЛОЖЕНИЕ 1 130
ПРИЛОЖЕНИЕ 2 132
