Введение
Глава 1. Обзор литературных данных 7
І.І.Основньїе методы рептгеїіоструктурного анализа макромолекул .7
1.2. Молекулярное замещение 11
1.2.1. Метод максимального правдоподобия и его применение в задачах молекулярного замещения 16
1.2.1.1. Правдоподобие функции вращения 18
1.2.1.2. Функция правдоподобия для трансляции 20
1.2.1.3. Усиленные функции правдоподобия 21
1.2.1.4. Phaser - программа для решения задач молекулярного замещения методом максимизации правдоподобия 22
1.3 Уточнение структуры макромолекул 25
1.3.1. Проблема переопределенности задачи кристаллографического уточнения 27
1.3.2. Уточнение с ограничениями ("constraints" и "restraints") 29
1.3.3. Достоверность кристаллографического уточнения 31
1.3.4. Критерии оценки качества атомной модели 32
1.3.4.1. Стандартный кристаллографический R-фактор 33
1.3.4.2. Rfree как критерий оценки качества модели в процессе уточнения 34
1.3.5. Улучшение фаз методом модификации плотности с использованием"сотр1е!е cross-validation" 35
1,3.6 Уточнение максимизацией правдоподобия 38
1.3.7. Схемы и программы уточнения 39
1.3.7.1. Программа CNS 41
Глава Экспериментальная часть 43
2.1. Общая характеристика комплекса рибосомного белка L1 с фрагментом мРНК 43
2.2. Получение и кристаллизация комплекса TthLl-мРНК. 44
2.3. Сбор и анализ дифракционных данных , 45
2.4. Решение фазовой проблемы и построение модели 46
2.4.1. Построение стартовой поисковой модели 49
2.4.2. Позиционирование модели в независимой части элементарной ячейки и расчет фаз 51
2.4.3. Построение и уточнение модели 53
Глаеа 3. Результаты и обсуждение. -57-
3.1. Общая характеристика кристаллической структуры комплекса TthLl-мРНК -57-
3.1.1. Структура рибосомного белка TthLl в комплексе TthLl-мРНК 59
3.1.2. Структура 38-нуклеотидного фрагмента мРНК в комплексе TthLl-мРНК 62
3.1.3. РНК-белковые взаимодействия в составе комплекса TthLl-MPHK. 64
3.2. Сравнительный анализ структуры комплекса TthLl-мРНК и известных структур белка L1 в РНК-связанном и свободном состояниях . 67
3.2.1. Сравнение структур белка TthLl в связанном с мРНК и свободном состоянии 68
3.2.2. Сравнение структуры белка L1 из комплекса TthLl-мРНК с известными структурами белка L1 из различных организмов 70
3.2.3. Две конформации белка TthLl. Белок TthLl должен принять открытую конформацию, чтобы связаться с РНК 71
3.2.4. Сравнение регуляторных и рибосомного комплексов 73
Основные результаты и выводы, 79
Список литературы
