Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1. Современные бактериологические методы определения чувствительности Mycobacterium tuberculosis к противотуберкулезным препаратам
1.1.1 .Определение чувствительности Mycobacterium tuberculosis к противотуберкулезным препаратам на « плотных средах
1.1.2.Определение чувствительности Mycobacterium tuberculosis к противотуберкулезным препаратам на жидких средах
1.2. Молекулярные механизмы множественной лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis .
1.2.1. Устойчивость к рифампицину 17
1.2.2. Устойчивость к изониазду 21
1.3. Молекулярно-биологические методы определения мутаций, ведущих к становлению резистентности Mycobacterium tuberculosis к противотуберкулезным препаратам 29
1.3.1 Секвенирование ДНК 29
1.3.2. Метод денатурирующего градиентного гель электрофореза - DGGE (Denaturation Gradient Gel Electrophoresis)
1.3.3. Метод несовершенного дуплекса (CMC -Chemical Mismatch Cleavage) 32
1.3.4. Метод гетеродуплексного анализа (ПЦР - ГДА) 32
1.3.5. Метод выявления мутаций, приводящих к полиморфизму длин рестрикционных фрагментов ДНК (ПДРФ) (restriction fragments length polymorphism -RFLP)
1.3.6. Обнаружение мутаций путем оценки конфор-мационного полиморфизма одноцепочечных фрагментов ДНК (single-stranded conformation polymorphism-SSCP)
1.3.7. Определение ЛУ МБТ методом гибридизации на олигонуклеотидном микрочипе
Глава 2. Материал и методы исследования
2.1. Пациенты и клинические образцы
2.2. Сбор материала
2.3. Определение лекарственной чувствительности Mycobacterium tuberculosis
2.3.1. Подготовка проб для «ТБ-БИОЧИП»
2.3.2. Условия проведения полимеразной цепной реакции
2.3.3. Проведение гибридизации
2.3.4. Регистрация результатов гибридизации
2.4. Определение устойчивости к изониазиду путем выявления мутаций в гене kasA методом конформа-ционного полиморфизма одноцепочечных фрагментов (SSCP)
2.4.1, Подготовка проб
2.4.2. Условия проведения полимеразной цепной реакции
2.4.3. Выявление мутаций в гене kasA
2.5. Статистическая обработка данных
Глава 3. Собственные исследования Сравнение эффективности выявления Mycobacterium tuberculosis, чувствительных и резистентных к рифампицину и изониазиду, методом «ТБ-БИОЧРШ» и бактериологическими методами в культурах и респираторных образцах
3.1. Определение лекарственной чувствительности Mycobacterium tuberculosis бактериологическими методами
3.2. Оценка эффективности выявления ДНК Mycobacterium tuberculosis и определения ее чувствительности к рифампицину и изониазиду в респираторных образцах с помощью тест-системы «ТБ-БИОЧИП»
3.3. Оценка эффективности выявления ДНК Mycobacterium tuberculosis и определения ее чувствительности к рифампицину и изониазиду, с помощью «ТБ-БИОЧИП» в культурах
3.4. Анализ сочетания мутаций в ДНК Mycobacterium ґибегси/аш, выделенных от больных, исследованных с помощью «ТБ-БИОЧИП»
3.4.1. Анализ сочетания мутаций в ДНК Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных с впервые выявленным туберкулезом
3.4.2. Анализ сочетания мутаций в ДНК Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных с хроническим течением туберкулеза
Глава 4. Анализ мутаций в гене kasA Mycobacterium tuberculosis с помощью метода конформационного полиморфизма одноцепочечных фрагментов (SSCP)
4.1 . Выявление мутаций в гене kasA Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных с впервые выявленным туберкулезом легких, методом SSCP
4.2. Выявление мутаций в гене kasA Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных с хроническим течением туберкулеза, методом SSCP
Заключение 77
Выводы 91
Список литературы 93
