Введение
1. Обзор литературы 20
1.1 Современные молекулярно-биологические методы диагностики инфекционных заболеваний 20
1.1.1. Молекулярное зондирование 21
1.1.2. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) 23
1.1.3. Сложности, возникающие при использовании ПЦР в практической диагностике 28
1.2. Современная лабораторная диагностика ряда актуальных бактериальных и вирусных инфекций 29
1.2.1. Диагностика бактериальных ОКИ 29
1.2.2. Диагностика хеликобактерной инфекции 34
1.2.3. Диагностика парентеральных вирусных гепатитов 43
1.2.4. Диагностика НУГИ 54
1.3. Внедрение и использование ПЦР в практическом здравоохранении Российской Федерации 73
2. Собственные исследования 77
2.1. Материалы и методы 77
2.1.1. Материалы 79
2.1.2. Методы 80
2.2. Результаты собственных исследований 91
2.2.1. Формирование материальной базы для проведения исследований 91
2.2.1.1. Выбор приборов для проведения ПЦР и фиксирования результатов 91
2.2.1.2. Сравнение вариантов выделения нуклеиновых кислот из клинического материала 92
2.2.1.3. Разработка ПЦР тест-систем для выявления генов факторов патогенности Enterobacteriaceae 93
2.2.1.4. Разработка ПЦР тест-системы для экспресс-детекции шигелл и энтероинвазивных эшерихий 94
2.2.1.5. Адаптация отечественных ПЦР тест-систем для выявления бактерий рода Salmonella к практическим исследованиям 105
2.2.1.6. Адаптация ПЦР тест-системы для выявления генов токсина и адгезинов V.cholerae 109
2.2.1.7. Адаптация ПЦР тест-систем для выявления H.pylori 110
2.2.1.8. Разработка полуколичественного варианта ПЦР детекции H.pylori для контроля эффективности антихеликобактерной терапии 116
2.2.1.9. Адаптация ПЦР тест-системы для выявления гена вакуолизирующего цитотоксина H.pylori VacA 116
2.2.1.10. Выбор и адаптация ПЦР тест систем для выявления возбудителей вирусных гепатитов и НУГИ 118
2.2.1.11. Разработка полу количественно го варианта ПЦР для детекции ВГВ иВГС 119
2.2.2. Значимые направления использования молекулярно-биологических методов в диагностике бактериальных ОКИ 122
2.2.2.1. Изучение распространенности генов факторов патогенности бактериальных возбудителей ОКИ с использованием молекулярно- биологических методов 122
2.2.2.2. Использование ПЦР тест-систем для детекции бактерий родов Shigella и Salmonella в санитарно-эпидемиологической и клинической практике 127
2.2.2.3. Изучение эффективности панели отечественных ПНР тест систем для выявления наиболее значимых бактериальных возбудителей ОКИ в Нижегородском регионе 137
2.2.2.4. Алгоритм использования метода ПЦР в диагностике бактериальных ОКИ 143
2.2.3. ПЦР в диагностике хеликобактерной инфекции и изучении ее возбудителя 146
2.2.3 Л. Выявление H.pylori в различных типах клинического материала 146
2.2.3.2. Сравнительный анализ результатов детекции Н. pylori, полученных традиционными и молекулярно-биологическими методами 149
2.2.3.3 Изучение распространенности H.pylori у больных с различными формами гастродуоденальной патологии 154
2.2.3.4. Использование полуколичественного варианта ПЦР-детекции H.pylori для оценки эффективности антихеликобактерной терапии 157
2.2.3.5 Использование ПЦР для определения резистентности H.pylori к атибиотикам-макролидам 160
2.2.3.6. Изучение возможности использования метода ПЦР для выявления факторов патогенности H.pylori 160
2.2.3.7. Изучение гетерогенности нуклеотидных последовательностей фрагментов гена CagA H.pylori методом гетеродуплексного анализа 164
2.2.3.8. Разработка алгоритма обследования больных с гастродуоденальной патологией на инфицированность H.pylori методом ПЦР 168
2.2.4. Возможные направления использования ПЦР в диагностике парентеральных вирусных гепатитов 171
2.2.4.1.Сопоставление результатов диагностики ВГВ и ВГС, полученных методами ПЦР и ИФА 171
2.2.4.2. Активность вирусов при хронических ВГВ и ВГС, возрастные особенности хронических гепатитов В и С, репликация вирусных НК при гепатитах смешанной этиологии 173
2.2.4.3. Изучение распространения ВГС ведущих генотипов в Нижегородском регионе 180
2.2.4.4. Изучение вероятности вертикального пути передачи ВГС и ВГВ 183
2.2.4.5. Оценка эффективности метода минипулов при обследовании доноров 188
2.2.4.6. Разработка алгоритмов использования ПЦР для обследования больных ВГС и ВГВ 190
2.2.5. ПЦР в диагностике негонококковых урогенитальных инфекций 195
2.2.5.1. Место ПЦР в общей системе методов диагностики НУГИ 195
2.2.5.2 Сезонная динамика выявления возбудрттелей НУГИ у женщин репродуктивного возраста 200
2.2.5.3. Особенности распространения возбудителей НУГИ у женщин и мужчин репродуктивного возраста 204
2.2.5.4. Особенности распространения возбудителей НУГИ у женщин и мужчин с воспалительными процессами в органах мочеполовой системы и у женщин с отягощенным акушерско-гинекологическим анамнезом 209
2.2.5.5. ПЦР-детекция вирусов папилломы человека, M.genitalium, L.monocitogenes, T.gondii 218
2.2.5.6. Изучение распространенности и особенностей циркуляции возбудителей НУГИ среди новорожденных, детей разных возрастов и детей с различными типами патологии 223
2.2.5.7. Оптимизация метода ПЦР с целью информативного и экономичного выявления возбудителей НУГИ. Разработка алгоритмов использования ПЦР в диагностике НУГИ 231
Заключение 23 8
Выводы 260
Список источников литературы 262
Приложения 307
