Введение
1 Обзор литературы 11
1.1 Семейство Filoviridae: общие сведения и классификация 11
1.2 Клиническая и патогенетическая характеристика геморрагической лихорадки Эбола 12
1.3 Строение генома вируса Эбола 15
1.4 Генетическое разнообразие, происхождение и эволюция вируса Эбола 17
1.5 Структура вириона и свойства белков вируса Эбола 25
1.6 Эпидемиологическая характеристика геморрагической лихорадки Эбола. Природные резервуары и переносчики 43
1.7 Инфекция Эбола у лабораторных животных и получение адаптированных штаммов 46
Заключение по обзору литературы 50
2 Материалы и методы 52
2.1 Материалы 52
2.2 Методы 54
2.2.1 Определение биологического титра и клонирование вируса Эбола 54
2.2.2 Пассажи вируса Эбола на морских свинках 55
2.2.3 Гематологические тесты 56
2.2.4 Оценка фагоцитоза нейтрофилами крови 57
2.2.5 Статистическая обработка данных 58
2.2.6 Выделение суммарной РНК 58
2.2.7 Проведение реакции РНК-лигирования 59
2.2.8 Проведение реакции обратной транскрипции 59
2.2.9 Амплификация фрагментов генома вируса Эбола методом ПЦР 60
2.2.10 Определение содержания геномной РНК вируса Эбола в культуральной жидкости методом двухраундовой ОТ-ПЦР 60
2.2.11 Очистка продуктов амплификации после проведения ПЦР 61
2.2.12 Определение последовательности нуклеотидных остатков ДНК 62
2.2.13 Компьютерный анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей 62
3 Результаты и обсуждение 65
3.1 Адаптация вируса Эбола к морским свинкам 65
3.1.1 Клонирование вируса Эбола 65
3.1.2 Пассажи клона вируса Эбола на морских свинках 67
3.2 Генетический анализ клона вируса Эбола preGPA-clone и варианта GPA-P7 79
3.2.1 Расчет олигонуклеотидных праймеров для амплификации и определения полноразмерных последовательностей генома вируса Эбола 79
3.2.2 Генетический анализ клона вируса Эбола preGPA-clone 83
3.2.2.1 Определение полной последовательности н.о. геномной РНК клона-
предшественника адаптированного к морским свинкам вируса Эбола
(preGPA-clone) 83
3.2.2.2 Анализ нуклеотидной последовательности генома клона preGPA-clone 84
3.2.2.3 Анализ аминокислотных последовательностей белков клона preGPA-clone 89
3.2.3 Генетический анализ адаптированного к морским свинкам варианта вируса Эбола GPA-P7 98
3.2.3.1 Определение полной последовательности н.о. геномной РНК
адаптированного к морским свинкам варианта вируса Эбола (GPA-P7) 98
3.2.3.2 Анализ нуклеотидной последовательности генома варианта GPA-P7 100
3.2.3.3 Анализ аминокислотных последовательностей белков варианта GPA-P7 102
3.3 Анализ генетической изменчивости вируса Эбола в процессе адаптации к морским свинкам 116
4 Заключение 134
Выводы 138
Список литературы
