Введение
Глава 1. Литературный обзор 11
1.1 Общие сведения о вирусах. Характеристика свиного цирковируса типа 2 (PCV2) 11
1.2. Методы изучения вирусов .14
1.2.1. Экспериментальные методы определения структуры вирусов 14
1.2.2. Компьютерные методы 17
1.3. Полноатомные модели и физико-химические задачи, в которых они используются 22
Глава 2.Экспериментальная часть .29
2.1. Детали моделирования методом МД 29
2.2. Распределение заряженных частиц в системе .32
2.3. Процесс уравновешивания систем .37
2.4. Анализ результатов моделирования МД 38
Глава 3. Обсуждение результатов .41
3.1. Модель целого капсида в растворе, имитирующем биологическую среду 41
3.2. Стабильность модели вирусного капсида 43
3.3. Водородные связи 47
3.4. Зависимость стабильности капсида от ионов электролита 50
3.5. Механизм разрушения пустого вирусного капсида 58
3.6. Моделирование отдельных блоков 71
3.7. Транспортные характеристика капсида 104
3.7.1. Исследование транспорта воды и ионов через стенку капсида 104
3.7.2. Определение размера пор капсида 107
Заключение 111
Итоги выполненного исследования 111
Рекомендации и перспективы дальнейшей разработки темы 112
Литература 113
Приложение 129
