Введение
2. Список основных сокращений 8
3. Литературный обзор 9
3.1. Флуоресцентные маркеры 11
3.2. Цианиновые красители 15
2.1. Строение 15
3.2.2. Физико-химические свойства 17
3.2.3 Спектральные свойства 18
3.2.3.1. Флуоресценция 18
3.2.3.2. Электронные спектры и спектры испускания 22
3.2.4. Влияние строения цианиновых красителей на их спектральные свойства
25
3.2.5. Общие методы получения цианиновых красителей 33
3.3. Индоцианиновые красители 36
3.4. Маркирование олигонуклеотидов 45
3.4. 1. Метод активированных эфиров 45
3.4. 2. Метод смешанных ангидридов 46
4.1. Синтез и масс-спектрометрия олигонуклеотидов, несущих тиофосфорильные модификации заданной локализации 48
4.2. Синтез модифицированных индодикарбоцианиновых красителей для маркирования олигонуклеотидов 60
4.2.1. Синтез индодикарбоцианинового красителя - аналога Су5, содержащего этильную группу в полиметиновой цепи (Йодид [5-(1-этил-3,3-
диметилиндолин-2-илиден)-3-этил-1,3-пентадиен-1-ил]-1-этил-3,3- диметилиндолениния) 62
4.2.2 Синтез индодикарбоцианинового красителя, содержащего этильную группу в полиметиновой цепи и функциональную (карбоксильную) группу в положение при атоме азота (2-[5-(1-этил-3,3-диметилиндолин-2-илиден)-3- этил-1,3 -пентадиен-1 -ил]-1 -карбоксипентил-3,3 -диметилиндоленин ий) 65
4.2.3. Синтез индодикарбоцианинового красителя, содержащего метильную группу в бензольном кольце (йодид 2-[5-(1-этил-3,3,5-триметилиндолин-2-илиден)-1,3-пентадиен-1-ил]-1-этил-3,3,5-триметилиндолениния) 69
4.2.4. Синтез индодикарбоцианинового красителя, содержащего метильную группу в бензольном кольце и функциональную (карбоксильную) группу в положении при атоме азота (2-[5-(1-этил-3,3,5-триметилиндолин-2-илиден)-
1,3-пентадиен-1 -ил]-1 -карбоксипентил-3,3,5-тримети линдолениний.) 76
4.2.5. Синтез индодикарбоцианинового красителя, содержащего метильную
группу в бензольном кольце,активную (карбоксильную) группу и
сульфогруппу в положениях при атомах азота (2-[5-(1-карбоксипентил-3,3,5-
триметилиндолин-2-илиден)-1,3-пентадиен-1 -ил]-1 -сульфобутил-3,3,5-
триметилиндолениний) 80
4. Экспериментальная часть 91
1. Материалы и методы 91
2. Описание методик 932.1. Вспомогательные реагенты 93
2.2. Синтез индодикарбоцианиновых красителей 94
2.2.1. Иодид 2-[5-(1-этил-3,3-диметилиндолин-2-илиден)-3-этил-1,3-
пентадиен-1-ил]-1-этил-3,3-диметилиндолениния 94
2.2.2. 2-[5-(1-этил-3,3-диметилиндолин-2-илиден)-3-этил-1,3-пентадиен-1-ил]-1-карбоксипентил-3,3-диметилиндолениний 98
2.2.3. Иодид 2-[5-(1-этил-3,3,5-триметилиндолин-2-илиден)-1,3-пентадиен-1-ил]-1-этил-3,3,5-триметилиндолениния 98
2.2.4. 2-[5-(1-этил-3,3,5-триметилиндолин-2-илиден)-1,3-пентадиен-1-ил]- 1-карбоксипентил-3,3,5-триметилиндолениний 103
2.2.5. 2-[5-( 1 -карбоксипентил-3,3,5-триметилиндолин-2-илиден)-1,3- пентадиен-1-ил]-1-сульфобутил-3,3,5-триметилиндолениний 105
2.3. Синтез олигонуклеотидов 106
2.4. MALDI-TOF масс-спектрометрия олигонуклеотидов 1076.
Выводы 109
7. Список литературы
