Введение
Глава 1. Обзор Литературы 9
1.1 Разнообразие мира РНК і 9
1.2 Структура РНК 10
1.2.1 Вторичная структура РНК 11
1.2.2 Пространственная структура РНК 13
1.3 Вычислительные подходы предсказания вторичной структуры РНК 14
1.3.1 Свободная энергия вторичной структуры 15
1.3.2 Алгоритмы предсказания вторичной структуры 16
1.3.3 Субоптимальные структуры РНК 18
1.3.4 Эволюционный подход 19
1.4 Сканирование генома для поиска структурированных участков РНК 20
1.4.1 Программа RNASurface 22
1.4.2 Эволюционный подход 23
1.5 Экспериментальные методы определения структуры РНК 23
1.5.1 Методы SHAPE, DMS, PARS 25
1.5.2 Полногеномные карты структур РНК 29
1.5.3 Использование экспериментальных данных при вычислительных подходах к определению структур РНК 32
1.5.4 Программа RNAStructure 34
Глава 2. Свойства экспериментальных данных 37
2.1 Материалы и методы 37
2.1.1 PARS эксперимент 37
2.1.2 SHAPE эксперимент 40
2.1.3 Извлечение вероятностной информации из распределений реактивностей 41
2.1.4 Данные ДМС-пробинга 42
2.2 Результаты и обсуждение 43
2.2.1 Свойства экспериментальных данных 43
2.2.2 Преобразование данных по реактивности 50
2.2.3 Сравнение профилей in vitro и in vivo 52
2.3 Выводы к главе 2 56
Глава 3. Поиск структурированных участков РНК 58
3.1 Материалы и методы 58
3.1.1 Поиск структурированных сегментов в ортологичных последовательностях 58
3.1.2 Псевдо-свободная энергия 60
3.1.3 Построение фоновой модели 62
3.1.4 Полногеномный поиск на основании экспериментальных данных 65
3.1.5 Веб-сервер RNASurface 66
3.2 Результаты и обсуждение 67
3.2.1 Предсказание разных классов некодирующих РНК 67
3.2.2 Расширение энергетической модели 68
3.2.3 Построение фоновой модели 71
3.2.4 Полногеномный поиск с помощью PARS данных 79
3.2.5 Веб-сервер RNASurface 90
3.3 Выводы к главе 3 90
Выводы 92
Список публикаций по теме диссертации 93
Благодарности 95
Список литературы
