Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 9
1.1. Организация генома растений 9
1.1.1. Размер генома. Парадокс размера генома (C-value paradox) 9
1.1.2. Уникальные и малокопийные последовательности 12
1.1.3. Повторяющиеся последовательности 14
1.1.3.1. Повторяющиеся последовательности, организованные в тандемы..16
1.1.3.1а. Макросателлиты, или сателлиты 17
1.1.3.16. Минисателлиты 20
1.1.3.1 в. Микросателлиты 21
1.1.4. Происхождение и эволюция тандемно организованных повторов 23
1.1.5. Функциональная роль повторяющихся последовательностей в геноме..27
1.1.6. Рассеянные по геному повторяющиеся последовательности 31
1.1.6.1. Ретротранспозоны 32
1.1.6.1 а. LTR-содержащие ретротранспозоны. 32
1.1.6.1 б. LTR-несодержащие ретротранспозоны 34
1.1.6.2. ДНК-транспозоны 39
1.1.7. Роль мобильных элементов 40
1.2. Векторные системы, используемые для клонирования ДНК 42
1.2.1. Плазмидные векторы 43
1.2.2. Векторы для клонирования крупных фрагментов ДНК 44
1.2.2.1. Векторы на основе хромосомы фага Л 44
1.2.2.2. Космидные векторы 45
1.2.3. Искусственные хромосомы - сверхъемкие векторы 46
1.2.3.1. Искусственные хромосомы дрожжей YAC 46
1.2.3.2. Искусственные хромосомы бактерий ВАС 48
1.2.3.3. Семейство векторов РАС 50
1.2.3.4. Искусственные хромосомы животных и человека-MAC и НАС 51
1.3. Пшеницы и Aegilops как модельные системы для изучения организации и эволюции генома растений 52
1.4. Заключение 59
ГЛАВА 2. Материалы и методы 61
2.1. Растительный материал 61
2.2. Клоны ДНК 64
2.3. Методы исследования 65
2.3.1. Приготовление хромосомных препаратов 65
2.3.2. Выделение плазмидной ДНК 65
2.3.3. Выделение ДНК из ВАС-клонов 66
2.3.4. Мечение проб 67
2.3.5. Гибридизация in situ (FISH) 68
2.3.6. Детекция сигналов гибридизации 68
2.3.7. Анализ хромосомных препаратов 70
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 71
3.1. Исследование эволюции геномов пшеницы с помощью Spelt-1 и Spelt-52
повторов 71
3.1.1. Особенности распределения Spelt-1 и Spelt-52 повторов на хромосомах Aegilops speltoides 71
3.1.2. Исследование распределения Spelt-1 и Spelt-52 повторов на хромосомах полиплоидных пшениц группы Timopheevi 72
3.1.2.1. Анализ Т. araraticum с помощью С-окрашивания 72
3.1.2.2. Локализация Spelt-1 повтора на хромосомах видов группы Timopheevi 74
3.1.2.3. Локализация Spelt-52 повтора на хромосомах Triticum araraticum Т. timopheevii и Т. kiharae 78
3.1.3. Локализация Spelt-1 повтора на хромосомах полиплоидных пшениц группы Emmer 79
3.1.3.1. Тетраплоидные виды 79
3.1.3.2. Локализация Spelt-1 повтора на хромосомах гексаплоидных пшениц 83
3.1.4. Изменение Spelt-1 в процессе эволюции полиплоидных пшениц 83
3.2. Локализация Fat повтора на хромосомах злаков 86
3.2.1. Характеристика Fat повтора 86
3.2.2. Локализация последовательности Fat на хромосомах пшеницы 87
3.2.3. Гибридизация Fat элемента на хромосомах злаков - доноров геномов мягкой пшеницы 91
3.2.4. Локализация последовательности Fat на хромосомах Aegilops 94
3.2.4.1. Диплоидные виды 94
3.2.4.2. Полиплоидные виды кластера D-геномов 95
3.2.4.3. Полиплоидные виды Aegilops кластера U-геномов 103
3.2.5. Локализация Fat последовательности на хромосомах других злаков... 105
3.2.6. Fat последовательность в эволюции злаков 107
Выводы 112
Список литературы
