ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ .........................................................................................................................................4
Актуальность работы .........................................................................................................................4
Степень разработанности темы .........................................................................................................5
Цель и задачи исследования ..............................................................................................................6
Научная новизна .................................................................................................................................6
Теоретическая и практическая значимость работы ........................................................................7
Методология и методы исследования ..............................................................................................7
Основные положения, выносимые на защиту .................................................................................7
Степень достоверности и апробация результатов ...........................................................................8
Объём и структура диссертационной работы ..................................................................................9
Связь работы с научными программами и личный вклад соискателя ..........................................9
Место проведения работы и благодарности ....................................................................................9
Список работ, опубликованных по теме диссертации ..................................................................10
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ....................................................................................................................13
ГЛАВА 1. МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА, ОБИТАЮЩИЕ В НЕФТЯНЫХ ПЛАСТАХ .......13
1.1. Общая характеристика нефтяных пластов как среды обитания микроорганизмов .......13
1.2. Основные функциональные группы прокариот, обитающих в нефтяных пластах .......15
1.2.1. Аэробные бактерии нефтяных пластов и их адаптация к условиям
местообитания .........................................................................................................................17
1.2.2. Анаэробные микроорганизмы нефтяных пластов и их участие в
биотрансформации нефти ......................................................................................................19
1.2.3. Облигатно анаэробные прокариоты, осуществляющие терминальные стадии
преобразования нефти ............................................................................................................23
ГЛАВА 2. ПРИМЕНЕНИЕ МИКРОБНЫХ БИОТЕХНОЛОГИЙ В НЕФТЕДОБЫВАЮЩЕЙ
ПРОМЫШЛЕННОСТИ ...................................................................................................................27
2.1. Способы подавления роста сульфидогенных прокариот, вызывающих коррозию
нефтепромыслового оборудования ............................................................................................27
2.2. Биотехнологии увеличения нефтеизвлечения, основанные на стимулировании роста
микроорганизмов нефтяных пластов .........................................................................................33
2.3. Заключение по обзору литературы .....................................................................................35
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ ................................................................................................37
ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ .......................................................37
3.1. Объект исследования ............................................................................................................37
3.2. Состав питательных сред и условия культивирования .....................................................37
3
3.3.
Методы фенотипического анализа......................................................................................39
3.4.
Молекулярно-биологические методы .................................................................................40
3.5.
Методы биоинформатического анализа .............................................................................41
3.6.
Аналитические методы ........................................................................................................43
ГЛАВА 4. РАЗНООБРАЗИЕ ПРОКАРИОТ В НЕФТЯНЫХ ПЛАСТАХ РОССИИ И КАЗАХСТАНА .................................................................................................................................47
4.1.
Физико-химические условия и культивируемые микроорганизмы исследованных нефтяных пластов ........................................................................................................................47
4.2.
Филогенетическое разнообразие прокариот в пробах пластовой воды ..........................50
ГЛАВА 5. МИКРООРГАНИЗМЫ НЕФТЯНОГО МЕСТОРОЖДЕНИЯ УЗЕНЬ И ВЛИЯНИЕ НАГНЕТАНИЯ МОРСКОЙ ВОДЫ НА СОСТАВ МИКРОБНЫХ СООБЩЕСТВ ...................53
ГЛАВА 6. ВЛИЯНИЕ БИОЦИДОВ И НИТРАТА НА ОБРАЗОВАНИЕ СУЛЬФИДА МИКРОБНЫМИ СООБЩЕСТВАМИ ИЗ НЕФТЯНЫХ ПЛАСТОВ .........................................60
6.1.
Устойчивость планктонных и биоплёночных форм сульфидогенных прокариот к воздействию биоцидов ................................................................................................................61
6.2.
Влияние нитрата на филогенетическое разнообразие микробных сообществ из нефтяных пластов ........................................................................................................................64
ГЛАВА 7. УГЛЕВОДОРОДОКИСЛЯЮЩИЕ И ДЕНИТРИФИЦИРУЮЩИЕ БАКТЕРИИ, ВЫДЕЛЕННЫЕ ИЗ НЕФТЯНЫХ ПЛАСТОВ, И ИХ ФИЗИОЛОГИЧЕСКИЕ И ГЕНОМНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ .......................................................................................................................70
7.1.
Углеводородокисляющие и денитрифицирующие бактерии, выделенные из нефтяных пластов, и их фенотипические признаки ...................................................................................70
7.2.
Галотолерантные углеводородокисляющие бактерии из нефтяных пластов и анализ их геномов .........................................................................................................................................74
ГЛАВА 8. ОПИСАНИЕ НОВОЙ УГЛЕВОДОРОДОКИСЛЯЮЩЕЙ БАКТЕРИИ ENSIFER OLEIPHILUS SP. NOV. И ЕЁ ПОТЕНЦИАЛ ДЛЯ БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОГО ПРИМЕНЕНИЯ ................................................................................................................................78
8.1. Фенотипические признаки штамма Ensifer sp. HO-A22T ..................................................80
8.2. Характеристика генома штамма Ensifer sp. HO-A22T .......................................................91
8.3. Анализ генома штамма Ensifer sp. HO-A22T ......................................................................94
8.4.
Описание нового вида Ensifer oleiphilus sp. nov. ...............................................................96
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.................................................................................................................................99
ВЫВОДЫ ........................................................................................................................................102
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ............................................................................................................103
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ.......................................................................106
