Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1.1. Микробиота пищеварительного тракта рыб 11
1.1.1. Разнообразие кишечной микробиоты рыб 13
1.1.2. Абиотические и биотические факторы, влияющие на структуру кишечной микробиоты рыб 27
1.1.3. Изменение кишечной микробиоты в онтогенезе рыб 28
1.1.4. Роль микробиоты, ассоциированной с желудочно-кишечным
трактом рыб 31
1.2. Особенности экологии и биологии рыб оз. Чаны 37
1.3. Физико-географическая характеристика района исследования 43
ГЛАВА 2. Объекты и методы исследований
2.1. Характеристика объектов исследования и отбор образцов 46
2.2. Методы исследования кишечной микробиоты рыб
2.2.1. Выделение ДНК 49
2.2.2. Групп-специфичная ПЦР 50
2.2.3. Секвенирование по Сэнгеру 53
2.2.4. Метагеномное секвенирование
2.3. Биоинформационный анализ данных 55
2.4. Определение спектра питания рыб разных экологических групп 57
ГЛАВА 3. Особенности питания рыб оз. Чаны
3.1. Анализ питания рыб оз. Чаны 59
3.2. Сезонные изменение спектра питания некоторых видов рыб оз. Чаны (на примере серебряного карася и окуня) 60
ГЛАВА 4. Сравнительный анализ методических подходов для выявления структуры микробных сообществ пищеварительного тракта (на примере серебряного карася carassius auratus и компонентов окружающей среды)
4.1. Групп-специфичная ПЦР 65
4.2. Секвенирование по Сэнгеру 66
4.3. Метагеномное секвенирование 72
4.4. Разнообразие микробных сообществ, исследованное с помощью различных молекулярно-генетических методов 73
ГЛАВА 5. Разнообразие микробиоты желудочно-кишечного тракта некоторых видов рыб разных экологических групп оз. Чаны 79
5.1. Разнообразие микробиоты слизистой и содержимого кишечника половозрелых особей рыб с разным типом питания 79
5.2. Степень сходства микробиоты слизистой и содержимого кишечника половозрелых особей рыб с разным типом питания. 84
5.3. Онтогенетические и сезонные изменения кишечной микробиоты серебряного карася и окуня
5.3.1. Изменение кишечной микробиоты на разных этапах онтогенеза (групп-специфичная ПЦР) 94
5.3.2. Изменение кишечной микробиоты в зависимости от сезона года (метагеномное секвенирование) 98
ГЛАВА 6. Микробные сообщества, ассоциированные с компонентами окружающей среды и объектами питания рыб 103
6.1. Микробиота природной воды, тростника, грунта и водных беспозвоночных 104
6.2. Степень сходства кишечного микробного сообщества и микробиоты, ассоциированной с компонентами окружающей среды 111
Заключение 118
Выводы 120
Список литературы
