Введение
Глава 1. Обзор литературы 9
1.1. Введение 9
1.2. Особенности классификации лактобактерий 10
1.3. Методические подходы к анализу микробиот и возможности их использования для идентификации лактобактерий 16
1.3.1. Микроскопия 16
1.3.2. Микробиологические методы 16
1.3.3. Метод ПЦР 18
1.3.4. ДНК-чипы и методы секвенирования 20
1.4. Использование ПЦР для детекции и идентификации лактобактерий 22
1.5. Типы вагинальных микробиот 24
1.5.1. Классификация вагинальных микробиот 24
1.5.2. L. crispatus – доминантные микробиоты 27
1.5.3. L. iners –доминантные микробиоты 30
1.5.4. Вагинальные микробиоты без доминирования лактобактерий 31
1.6. Пробиотики на основе лактобактерий 31
1.7. Заключение 34
Глава 2. Материалы и методы 35
2.1. Сравнительный анализ геномов и поиск консенсусных участков 35
2.2. Олигонуклеотиды 35
2.3. Выделение ДНК 36
2.4. ПЦР 37
2.5. Аналитические характеристики тест-систем 37
2.6. Бактериальные и искусственные матрицы 38
2.7. Клинический материал 40
2.8. Оценка состояния вагинальной микробиоты 40
Глава 3. Результаты исследований 42
3.1. Анализ геномов, подбор перспективных мишеней 42
3.2. Разработка тест-системы на основе гена RPLK 43
3.2.1. Праймеры 43
3.2.2. Группоспецифичный зонд 47
3.2.3. Аналитические характеристики тест-системы для группового определения лактобактерий 49
3.2.4. Видо-специфичные зонды 50
3.2.5. Аналитические характеристики панели тест-систем для видовой идентификации вагинальных лактобактерий 52
3.3. Разработка тест-системы на основе гена TUF 54
3.3.1. Анализ праймеров, описанных в литературе 54
3.3.2. Разработка оригинальных праймеров для амплификации участка гена TUF 56
3.3.3. Видоспецифичные зонды на основе гена TUF 58
3.4. Количественная оценка содержания бактерий в образцах, содержащих ДНК двух видов лактобактерий одновременно 60
3.5. Разработка системы нормирования 61
3.6. Оценка состояния вагинальной микробиоты по лактобактериальному индексу 65
3.7. Изучение видового разнообразия лактобактерий в вагинальных микробиотах российских женщин 68
3.8. Корреляционный анализ доминирования различных видов лактобактерий в вагинальных микробиотах российских женщин 71
Глава 4. Обсуждение результатов 74
Выводы 80
Список сокращений 82
