Введение
Глава 1. ЯМР релаксация дейтронов в «гидратных оболочках» CH2-групп -аминокислот 15
1.1. Гидратация амфифильных молекул 15
1.2. Материалы и методы 19
1.3. Теоретическая часть 20
1.4 Результаты и обсуждение 22
1.4.1. Концентрационные зависимости релаксации дейтронов в водных растворах аминокислот 22
1.4.2. «Гидратная оболочка» группы CH2 27
1.4.3. Обмен водорода между группой NH3+ глицина и водой 32
1.5. Заключение по главе 1 34
Глава 2. Разупорядочивание и агрегация белков при окислительно-восстановительных процессах по данным ЯМР и других вспомогательных биофизических методов 35
2.1. Состояние проблемы разупорядочивания и агрегации белков при окислительно восстановительных процессах 35
2.2. Материалы и методы 38
2.3. Результаты и обсуждение 45
2.3.1. Обработка H2O2 вызывает образование дисульфид-связанных олигомеров в образце RRM2 45
2.3.2. HSQC-спектроскопия показывает наличие мономеров и агрегатных частиц RRM2. 47
2.3.3. RRM2 в агрегатных частицах разупорядочен 53
2.3.4. Характерный размер агрегатных частиц 64
2.3.5. Функция распределения по размеру агрегатных частиц RRM2 70
2.3.6. RRM2 в окисленном образце уязвим к трипсинолизу 74
2.3.7. Дисульфид-связанные димеры RRM2 стабильны в длинных симуляциях МД 79
2.4. Заключение по главе 2 82
Глава 3. Температурная зависимость спиновой релаксации 15N нативно-разупорядоченных белков 85
3.1. Проблема классификации и изучения типов молекулярного движения IDP с помощью ЯМР и МД 85
3.2. Материалы и методы 88
3.3. Результаты и обсуждение 93
3.3.1. Скорости ЯМР релаксации 15N для хвоста гистона H4 93
3.3.2. Моды движения, обуславливающие ЯМР релаксацию 101
3.4. Заключение по главе 3 113
Заключение 116
Благодарности 119
Список сокращений 120
Список литературы 122
