Введение
Глава 1. Обзор литературы. ортопоксвирусы: межвидовые и внутривидовые различия 15
1. Основы видовой дифференцировки ортопоксвирусов 15
2. Белооспинные мутанты ортопоксвирусов 20
3. Функциональная роль генов, расположенных в теломерных областях 23
3. 1 Молекулярные факторы вирулентности 23
3.1.1 Ингибиторы апоптоза инфицированных клеток 24
3.1.2 Ингибиторы воспалительных реакций 25
3.1.3 Ингибиторы действия интерферона 28
3.1.4 Модуляторы иммунного ответа 29
3.2 Гены круга хозяев 31
3.3 Семейство lfelch-белков... 32
4. Тельца включения типа А ортопоксвирусов 33
5. Внутривидовая вариабельность вируса оспы коров 36
6. Заключение по обзору литературы 39
Глава 2. Материалы и методы 42
1. Материалы 42
2. Методы 45
2.1. Очистка вируса и выделение вирусной ДНК 45
2.2. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции 45
2.3. Электроэлюция фрагментов ДНК из агарозного геля на ионообменную бумагу (диэтиламиноэтилцеллюлоза-81) 45
2.4. Элюция фрагментов ДНК из агарозного геля при помощи набора QIAquick фирмы «QIAGEN», Германия 45
2.5. Получение компетентных клеток. Трансформация Е.соїі 46
2.5.1. Приготовление компетентных клеток 46
2.5.2. Трансформация 46
2.6. Клонирование концевых фрагментов ВОК штамма GRI-90 46
2.7. Отбор клонов по гибридизации in situ 47
2.8. Выделение плазмидной ДНК 47
2.9.Секвенирование по методу Максама и Гилберта 48
2.9.1 Введение радиоактивного dNTP по З-ОН концам фрагментов ДНК при помощи фрагмента Кленова ДНК полимеразы I E.coli.A%
2.9.2. Модификация азотистых оснований 48
2.9.3. Расщепление ДНК с помощью пиперидина 49
2.9.4. Электрофорез в денатурирующем ПААГ 49
2.10. Секвенирование на автоматическом секвенаторе 50
2.11, Компьютерная обработка расшифрованной последовательности геномной ДНК 50
Глава 3. Результаты и обсуждение 51
1. Создание и характеризация клонотеки фрагментов генома BOK-GRI.51
2. Секвенирование генома BOK-GRI 54
2.1. Секвенирование ДНК ВОК по методу Максама-Гилберта 54
2.2 Секвенирование ДНК ВОК на автоматическом анализаторе АВІ PRISM 310 56
3. Построение трансляционной карты генома 59
4. Сравнение геномов 61
4.1 Центральная область генома 96
4.2 Концевой инвертированный повтор (TIR) 97
4.3 Уникальная последовательность концевых видоспецифичных районов 102
4.3.1. Потенциальные гены круга хозяев 108
4.3.2. Семейство Kelch-белков 116
4.3.3. Молекулярные факторы вирулентности 119
4.3.4. Тела включения типа А... 132
Глава 4. Заключение 136
Выводы 139
Список использованной литературы 141
