Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 18
1.1. Современные представления о микрофлоре кишечника человека 18
1.2. Технологии в основе сравнительной геномики 20
1.3. Концепции сравнительной геномики прокариот 24
1.4. Молекулярно-генетические механизмы горизонтального переноса генов 26
1.5. Бифидобактерии, колонизирующие кишечник человека 30
1.6. Таксономическое положение, метаболизм и генетика B. longum 34
1.7. Заключение 36
Результаты собственных исследований 38
Глава 2. Определение видовой и внутривидовой принадлежности исследуемых представителей рода bifidobacterium 38
2.1. Исследование разнообразия представителей рода Bifidobacterium в кишечной микрофлоре людей различного возраста 38
2.2. Выбор штаммов для анализа полных геномных последовательностей 41
2.3. Внутривидовая филогения B. longum 45
ГЛАВА 3. Анализ основных характеристик геномных последовательностей B. Longum 54
3.1. Общее сравнение геномов B. longum 54
3.2. Генный состав штаммов B. longum 57
3.3. Пан-геном B. longum subsp. longum 60
ГЛАВА 4. Компоненты изменчивой части геномных последовательностей B. Longum 70
4.1. Гены гликозил-гидролаз B. longum 70
4.2. Плазмиды исследуемых штаммов B. longum 73
4.3. Мобильные генетические элементы и профаги в геномных последовательностях B. longum 78
4.4. Системы CRISPR-Cas и рестрикции-модификации B. longum 81
4.5. Гены, принимающие участие в колонизации кишечника человека 86
Заключение 91
Выводы 98
Практические рекомендации 99
Перспективные направления дальнейшей разработки темы 99
Cписок используемых сокращений 100
Список литературы 100
