Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 9
1.1. Структура хроматина 9
1.1.1. Первый уровень организации хроматина. 9
Формирование нуклеосомы 9
1.1.2. 30-нм фибрилла 13
1.1.3. Петельный уровень организации хроматина 15
1.2. Линкерный гистон Н1 18
1.2.1. Структура гистона Н1 18
1.2.2. Взаимодействие гистона Н1 с ДНК 21
1.3. Негистоновый хромосомный белок HMGB1 24
1.3.1. Структура HMGB1 25
1.3.2. Взаимодействие HMGB1 с ДНК 29
1.3.3. Функции HMGB1 в клетке 30
ГЛАВА 2. Материалы и методы 35
2.1. Выделение «линкерных» белков хроматина Н1, HMGB1 и HMGB2 35
2.1.1. Первая экстракция Н1, HMGB1 и HMGB2 35
2.1.2. Вторая экстракция Н1, HMGB1, HMGB2 36
2.2. Выделение плазмидной ДНК из бактериальных клеток методом щелочного лизиса 37
2.3.1. Электрофорез в агарозном геле 39
2.3.2. Денатурирующий электрофорез в ПААГ по методу Лэммли 41
2.3.3. Двухмерный электрофорез 44
2.4. Малди (maldi) масс-спектрометрия 46
2.5.Спектроскопия кругового дихроизма 48
2.5.1. Теория кругового дихроизма 48
2.5.2. Круговой дихроизм белков и пептидов 50
2.5.3. Круговой дихроизм нуклеиновых кислот 52
2.6. Спектрофотометрическое плавление днк 53
Глава 3. Результаты и обсуждения 58
3.1. Исследование вторичной структуры и термодинамической стабильности полноразмерного природного белка HMGB1 в свободном состоянии. 59
3.2. Анализ вторичной структуры белка HMGB1 в свободном состоянии и при взаимодействии с ДНК. 61
3.3. Исследование термостабильности высокомолекулярной ДНК тимуса теленка в комплексе с негистоновым белком хроматина HMGB1 68
3.4. Сравнительный анализ вторичной структуры белка HMGB1 в свободном состоянии и при взаимодействии с гистоном Н1 71
3.5. Выявление посттрансляционных модификаций подтипов линкерного гистона Н1 76
3.6. Cравнительный анализ посттрансляционных модификаций негистоновых белков хроматина HMGB1 и HMGB2 87
Заключение 99
Выводы 101
Список использованных сокращений 102
Список публикаций по теме диссертации 104
Список цитируемой литературы 107
Благодарности
