Введение
Глава 1. Обзор литературы 18
1.1 Лактат как биологически активное соединение 18
1.1.1 Метаболическая роль лактата 18
1.1.2 Лактатдегидрогеназная каталитическая система 22
1.1.3. Лигандная роль лактата 29
1.2 Увеличенное содержание лактата в крови: причины и следствия 33
1.3 Возможности компьютерного моделирования в определении биологического потенциала низкомолекулярных лигандов 48
1.3.1. Возможности моделирования биологической активности низкомолекулярных лигандов 54
1.3.2. Возможности моделирования белок-лигандного взаимодействия 56
Глава 2. Материалы и методы 59
2.1 Общая характеристика обследованной группы 60
2.2 Определение группы крови по системе AB0 и компонентного состава лактатдегидрогеназной каталитической системы 61
2.3 Изучение взаимодействия белок-лиганд с использованием экспериментальной системы антиген-антитело (группы крови AB0) 64
2.4 Компьютерное моделирование биологической активности лактата в среде PASS 66
2.5 Компьютерное моделирование потенциальных белковых партнеров лактата в среде STITCH 67
2.6 Визуализация взаимодействия белок-белок методом сканирующей лазерной конфокальной микроскопии 68
2.7 Установление факта взаимодействия оксалоацетата и лактатдегидрогеназы методом микрокапиллярного термофореза 70
2.8 Оценка влияния оксалоацетата на термостабильность лактатдегидрогеназы методом дифференциальной сканирующей флуориметрии 72
2.9 Определение влияния оксалоацетата на функционирование лактатдегидрогеназной каталитической системы 74
2.10 Статистическая обработка результатов исследования 76
Глава 3. Компьютерное моделирование биологической активности лактата 79
3.1 Компьютерное моделирование биологической активности лактата в среде PASS 79
3.2 Компьютерное моделирование потенциальных белковых партнеров лактата в среде STITCH 91
Глава 4. Влияние лактата на белок-белковое взаимодействие 102
4.1 Характеристика лактатдегидрогеназной каталитической системы в зависимости от групповой принадлежности крови по системе AB0 102
4.2 Влияние лактата на антиген-антительное взаимодействие на примере модельной системы групп крови AB0 106
4.2.1 Влияние лактата на гликопротеины А и В 106
4.2.2 Влияние лактата на естественные антитела 110
4.2.3 Влияние лактата на моноклональные антитела 114
4.3 Визуализация влияния лактата на образование комплексов антиген антитело (гликопротеины A и B) 119
Глава 5. Лактатдегидрогеназа как мишень взаимодействия с низкомолекулярными лигандами 125
5.1 Установление факта взаимодействия оксалоацетата и лактатдегидрогеназы методом микрокапиллярного термофореза 126
5.2 Оценка влияния оксалоацетата на термостабильность лактатдегидрогеназы методом дифференциальной сканирующей флуориметрии 132
5.3 Определение влияния оксалоацетата на функционирование лактатдегидрогеназной каталитической системы 141
Глава 6. Заключение 147
Выводы 159
Практические рекомендации 161
Список сокращений 162
Список литературы 163
Приложения 200
