Введение
Глава 1. Основы компьютерного моделирования 34
1.1. Введение 34
1.2. Силовые поля 35
1.3. Математические выражения для энергии 38
1.4. Наборы параметров силовых полей 40
1.5. Сравнение параметров 41
1.6. Метод молекулярной динамики 50
1.6.1. Разностные схемы 50
1.6.2. Статистические ансамбли 54
1.6.3. Контроль температуры и давления 56
1.7. Метод Монте-Карло 59
1.7.1. Модельные подходы конформационного анализа... 63
Глава 2. Моделирование цепных молекул методом Монте-Карло 67
2.1. Модельные цепи и алгоритмы 67
2.2. Моделирование углеводородных полиеновых цепей 81
Глава 3. Моделирование мембранных систем методом молекулярной динамики 92
3.1. Введение 92
3.2. Изолированные углеводородные цепи 102
3.3. Изолированные молекулы диацилглицеролипидов 103
3.4. Монослои диацилглицеролипидов 106
3.5. Бислои диацилглицеролипидов 110
3.6. Гидратированные бислои фосфатидилхолинов 117
3.7. Гидратированные бислои фосфатидилхолинов с цилиндрической полостью 121
3.8. Гидратированные бислои фосфатидилхолинов с молекулами холестерина 122
Глава 4. Конформационные свойства и гибкость олигомерных цепных молекул 126
4.1. Введение 126
4.2. Равновесная гибкость олигомерных цепных молекул 130
4.2.1. Цепи с метиленпрерывающимися двойными связями.. 131
4.2.2. Цепи с неметиленразделенными двойными связями... 140
4.3. Полиненасыщенные цепи в кристаллическом состоянии 143
4.4. Характеристики кинетической гибкости олигомерных цепей.. 150
Глава 5. Параметры размеров и формы цепных молекул 154
5.1. Расчеты параметров размеров и формы 154
5.2. Радиусы инерции и их компоненты 160
5.3. Максимальные проекции углеродных остовов 172
5.4. Площади поперечных сечений углеродных остовов 184
Глава 6. Свойства цепных олигомеров в молекулах липидов 195
6.1. Функции распределения по углам и расстояниям между парами атомов в цепях молекул ДГ 195
6.2. Функции распределения угла между продольными осями пар углеводородных цепей 201
Глава 7. Упорядочение связей углеводородных цепей и флуктуационные свойства звеньев 204
7.1. Внутримолекулярное упорядочение связей 204
7.1.1. Параметры порядка 213
7.1.2. Ориентационные функции распределения 218
7.2. Упорядочение связей в липидных слоях 232
7.2.1. Параметры порядка 233
7.2.2. Ориентационные функции распределения 241
7.3. Пространственные флуктуации атомов в бислоях 251
Глава 8. Распределения масс атомов в липидных слоях и свойства межатомных полостей 261
8.1. Введение 261
8.2. Метод Вороного-Делоне для вычисления характеристик межатомных полостей 265
8.3. Профили плотности масс атомов 272
8.4. Полные и парциальные профили доли пустого пространства в липидных бислоях 291
8.5. Распределения радиусов интерстициальных сфер 300
8.6. Анализ критических радиусов в бислоях 303
Заключение 310
I. Полиеновые углеводородные цепи липоидов: структура, свойства, функции 310
II. Основные результаты работы 316
III. Основные выводы 335
Литература 341
