Введение
Глава 1. Роль микробиотических сообществ в формировании персистирующего воспаления при хронических обструктивных заболеваниях легких (обзор литературы) 17
1.1 Современное представление о проблеме хронических обструктивных заболеваний легких 17
1.2 Персистирующее бронхолегочное воспаление как основа клинической гетерогенности хронических обструктивных болезней легких
1.3 Понятие о микробиоме дыхательных путей человека 31
1.4 Особенности кишечной микробиоты в норме и при патологии 57
1.5 Проблема обострений Б А и ХОБЛ с позиции рациональной антибиотикотерапии 62
Глава 2. Клинические группы и методы исследования 66
2.1 Протокол исследования 66
2.2 Методы исследования 73
Глава 3. Характеристика изучаемой популяции и результаты клинико функциональных исследований 100
3.1 Исходная клинико-анамнестическая характеристика изучаемой популяции больных БА 101
3.2 Исходная клинико-анамнестическая характеристика изучаемой популяции больных ХОБЛ
3.3 Сравнительная клинико-анамнестическая характеристика пациентов, страдающих Б А, и больных ХОБЛ 118
3.4 Характеристика сопутствующей патологии у обследованных групп больных БАиХОБЛ 119
Глава 4. Метагеномный анализ орофарингеальных мазков больных ХОБЛ и Б А по результатам секвенирования генов 16S рРНК 124
4.1 Сходство таксономического состава орофарингеальной микробиоты у больных БА и пациентов, страдающих ХОБЛ 125
4.2 Различия представленности микроорганизмов в образцах орофарингеальных мазков больных БА и ХОБЛ по данным анализа GLM и metagenomeSeq 132
4.3 Анализ метагеномного состава орофарингеальных мазков больных Б А и ХОБЛ методом обобщенных линейных моделей с учетом клинико-анамнестических данных 141
4.4 Таксономическое разнообразие орофарингеальной микробиоты у больных БА
и ХОБЛ 151
Глава 5. Видовая идентификация и анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости орофарингеальных стрептококков у больных БА и ХОБЛ 156
5.1 Генетические маркеры лекарственной устойчивости орофарингеальных стрептококков больных БА и ХОБЛ 158
5.2 Представленность генов те/ и егтВ в образцах орофарингеальных мазков больных БА и ХОБЛ и клинико-анамнестические особенности заболевания 162
5.3 Качественные и количественные особенности состава орофарингеальных стрептококков больных Б А и ХОБЛ 163
Глава 6. Результаты таксономического исследования кишечной микробиоты у пациентов с ХОБЛ, больных БА и здоровых лиц 168
6.1 Различия таксономического состава кишечной микробиоты у пациентов с ХОБЛ и здоровых добровольцев 176
6.2 Различия таксономического состава кишечной микробиоты у больных БА и здоровых добровольцев 180
6.3 Различия таксономического состава кишечной микробиоты у больных ХОБЛ и пациентов с БА 182
6.4 Результаты обобщенного линейного регрессионного анализа
представленности микроорганизмов в образцах кала здоровых добровольцев,
больных Б А и пациентов с ХОБЛ 185
6.5 Таксономическое разнообразие кишечной микробиоты у больных ХОБЛ и пациентов с БА в сравнении со здоровыми добровольцами 190
Глава 7. Анализ антибиотикорезистентности кишечной микробиоты больных БиХОБЛ 196
7.1 Профилирование генов АР кишечной микробиоты больных БА и ХОБЛ в сравнении со здоровыми добровольцами относительно Antibiotic Resistance Database - ARDB 196
7.2 Сравнительный анализ профилирования резистома для выборочных генов с помощью метагеномного метода с использованием базы данных ARDB и ПЦР реального времени 211
7.3 Профилирование генов антибиотикорезистентности кишечной микробиоты больных БА и ХОБЛ в сравнении со здоровыми добровольцами относительно The Comprehensive Antibiotic Resistance Database - CARD 213
7.4 Качественный состав АБТ и различия в представленности соответствующих генов АР по базе ARDB 219
7.5 Корреляционный анализ уровня представленности генов АР в метагеномах больных ХОБЛ в зависимости от клинико-анамнестических факторов 220
Глава 8. Обсуждение результатов 225
Заключение 246
Практические рекомендации 254
Список сокращений и условных обозначений 255
Список литературы
