Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы. 8
1.1. Экспериментальные исследования кинетики самоорганизации белков. 8
1.1.1. Процедура экспериментального исследования кинетики и термодинамики сворачивания белков. 8
1.1.2. Открытие механизма нуклеации. 18
1.2. Аналитические теории и теоретические работы по изучению сворачивания белков . 22
1.3. Эмпирические методы предсказания скоростей сворачивания белков. 29
ГЛАВА 2. Теория моделирования разворачивания белка . 32
2.1. Модель последовательного разворачивания белка. 32
2.2. Свободная энергия «полусвернутой» белковой цепи. 33
2.3. Скорость элементарного шага. 35
2.3.1. Экспериментальная оценка скорости конформационной перестройки аминокислотного остатка . 36
2.4. Алгоритм расчета скорости сворачивания-разворачивания белка. 36
2.5. Алгоритм расчета ядра сворачивания белка. 40
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение. 45
3.1. Моделирование процесса сворачивания-разворачивания белка. 45
3.1.1. Предсказание скорости сворачивания-разворачивания белка в окрестности точки термодинамического равновесия. 45
3.1.2. Предсказание вовлеченности аминокислотных остатков белка в ядро сворачивания в точке термодинамического равновесия . 51
3.2. Эмпирические зависимости: что можно сказать о скорости сворачивания без моделирования процесса сворачивания белка? 54
3.2.1. Предсказание скорости сворачивания белка по его трехмерной структуре. 57
3.2.2. Предсказание скорости сворачивания белка по его аминокислотной последовательности. 61
Заключение. 65
Благодарности. 67
Выводы. 68
Список публикаций по теме диссертации. 69
Список литературы.
