Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1.1. Молекулярный образ человека: от генома к протеому 11
1.1.1. Проект «Протеом человека» 16
1.1.2. «Белые пятна» генома и протеома 19
1.1.3. Необнаруженные («missing») белки: функция качества протеомных данных 24
1.1.4. Многообразие протеоформ: протеомный айсберг 33
1.1.5. Протеоформы в контексте молекулярной эволюции
1.2. Информационные ресурсы и геноцентричная интеграция данных 52
1.3. Панорамный и направленный анализ транскриптома и протеома 1.3.1. Панорамный анализ 68
1.3.2. Направленный анализ 71
1.3.3. Взаимосвязь между транскриптомом и протеомом 75
1.4. Постгеномные технологии: сохранение здоровья человека 80
глава 2. Исходные данные и методы обработки 92
2.1. Исследуемые объекты и их характеристики 92
2.2. Источники данных и поисковые запросы 99
2.3. Сопоставление информационных профилей хромосом человека 101
2.4. Дизайн хромосомоцентричного исследования 104
2.5. Анализ транскриптомных и протеомных данных 105
2.5. Оценка количества протеоформ человека и модельных объектов 109
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 115
3.1. Сравнительный анализ хромосом человека 115
3.1.1. Хромосомоцентричный анализ вариабельности белков 116
3.1.2. Постгеномные аннотации: динамика накопления в NeXtProt и UniProt 120
3.1.3. Мета-анализ данных о транскриптоме и протеоме 126
3.1.4. Анализ текстов публикаций: индекс изученности генов 130
3.1.5. Хромосомоцентричный и полногеномный информационные профили 136
3.2. Транскрипты и белки хромосомы 18 человека 146
3.2.1. Транскриптомный анализ клеток линии HepG2 и ткани печени человека 146
3.2.2. Протеомный анализ клеток линии HepG2, ткани печени и плазмы крови 153
3.2.3. Сопоставление транскриптома и протеома для хромосомы 18 160
3.2.4. Необнаруженные белки хромосомы 18 человека 172
3.3. Протеоформы человека 177
3.3.1. Индивидуальный и популяционный протеомы 178
3.3.2. Влияние количества образцов и типа биоматериала 186
3.4. Многообразие протеоформ бактерий, растений и животных 197
3.4.1. Степень изученности геномов модельных объектов 198
3.4.2. Протеоформы организмов различных царств 208
Заключение 218
Выводы 223
Список сокращений и условных обозначений 225
Список используемой литературы 227
Список работ 258
