Введение
Глава 1 Обзор литературы внутривидовое разнообразие и современные методы дифференциации штаммов Y.pestis собственные исследования 43
Глава 2 Материалы и методы 43
2.1 Бактериальные штаммы, среды, условия выращивания 43
2.2 Анализ биохимических свойств штаммов 52
2.3 Определение признака пигментации 53
2.4 Определение чувствительности к антибактериальным препаратам 53
2.5 Выделение ДНК 54
2.6 Постановка полимеразной цепной реакции 54
2.7 Проведение ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов 54
2.8 Секвенирование ДНК 54
2.9 Гибридизация в ДНК чипах 55
3.0 Компьютерные программы 57
Глава 3 Внутривидовая дифференциация штаммов Y.pestis методом пцр c электрофоретическим учетом результатов 59
3.1 Поиск ДНК мишеней и разработка способов подвидовой дифференциации штаммов Y.pestis на основе ПЦР с электрофоретическим учетом результатов 61
3.2 Выбор ДНК мишеней для определения биоваров штаммов Y.pestis основного подвида методом ПЦР с электрофоретическим учетом результатов 72
3.3 Определение подвидовой и биоварной принадлежности атипичных по свойствам и по району происхождения клинических штаммов Y.pestis 76
Глава 4 Определение внутривидовой принадлежно сти штаммов Y.pestis на основе пцр с гибридизаци онно-флуоресцентным учетом результатов, ДНК чипа и полногеномного секвенирования 92
4.1. Поиск ДНК мишеней и разработка способов определения подви довой принадлежности штаммов Y.pestis на основе ПЦР с гибридиза ционно-флуоресцентным и электрофоретическим учетом результатов с универсальными праймерами 92
4.2 Конструирование ДНК чипа для проведения внутривидовой дифференциации штаммов Y.pestis 106
4.3 Определение подвидовой принадлежности и усовершенствование внутривидовой систематики штаммов Y.pestis на основе полногеномного секвенирования 110
Глава 5. Конструирование универсальных прайме ров и детекция генов антибиотикоустойчивости у штаммов y.pestis и возбудителей других опасных инфекций методом ПЦР 118
Заключение 132
Выводы 150
Перечень сокращений, условных обозначений 151
Список использованной литературы
