Введение
Глава I. Обзор литературы 7
Задача выравнивания биологических последовательностей 7
Наиболее распространенные методы построения парных выравниваний ... 13
Множественные выравнивания и профили 21
Молекулярно-биологические банки данных 23
Глава II. Исследование качества выравниваний, построенных методом Смита-Уотермана 27
Методы и определения 27
Сравнение эталонных выравниваний и выравниваний Смита-Уотермана... 32
Улучшение качества выравниваний Смита-Уотермана за счет индивидуального подбора параметров 36
Глава III. Острова в выравниваниях ... 39
Восстановление островов эталонных выравниваний 39
Выделение ядер в островах 48
Глава IV. Новый алгоритм выравнивания двух последовательностей 51
Схематическое описание нового алгоритма 51
Построение якорей, использование затравок и оптимизация параметров... 53
Нахождение оптимального пути через якоря 60
Сравнение качества построения выравниваний и скорости работы нового метода и стандартных 62
Глава V. Применение новой методики к построению выравниваний последовательности и профиля 66
Адаптация алгоритма ANCHOR к задаче выравнивания последовательности и профиля 66
Сравнение качества выравниваний последовательности и профиля, построенных новым методом, и выравниваний Смита-Уотермана . 69
Глава VI. Поиск гомологов по банку данных с помощью метода ANCHOR ... 73
Заключение 77
Практическое значение работы 78
Выводы 79
Список публикаций по теме диссертации 80
Литература 81
