Введение
1. Введение. Основные представления о предмете исследований 13
1.1 Масс-спектрометрия как основной метод исследования биомолекул в протеомике 13
1.2 Модели предсказания хроматографических времен удерживания белков и пептидов по их аминокислотной последовательности 24
1.3 Жидкостная хроматография в критических условиях как метод исследования синтетических полимеров 32
2. Теоретические основы концепции жидкостной хроматографии в критических условиях 39
2.1 Модель случайных блужданий для гетерополимеров 39
2.2 Эффективная энергия взаимодействия биомакромолекулы с поверхностью твердой фазы в градиентной хроматографии 43
2.3 Основное уравнение градиентной хроматографии 45
2.4 Система уравнений модели BioLCCC для определения объемов/времен удерживания пептидов 46
3. Определение феноменологических параметров 47
4. Апробация модели на экспериментальных данных 51
4.1 Экспериментальные условия и методы исследования 51
4.2 Корреляция экспериментальных и предсказанных времен удерживания на примере пептидных стандартов и дайджеста белков бактерии Escherichia Со 55
4.3 Предсказание разделения пептидов с модифицированными аминокислотными остатками на примере изомеров лейцин и изолейцин 59
4.4 Предсказание разделения последовательностей с перестановкой аминокислот на примере пептидов с зеркально-симметричными текстами 61
4.5 Практическое применение модели BioLCCC для фильтрации и верификации результатов поиска по базам данных в процессе идентификации пептидов и белков на примере Escherichia Coli 64
Заключение и выводы 86
Список публикаций 98
Литература
