Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1.1 Главный комплекс гистосовместимости человека (HLA-комплекс) 11
1.2 Номенклатура HLA 15
1.3 HLA-полиморфизм 18
1.4 HLA-полиморфизм и связь с заболеваниями 19
1.4.1 Ассоциация HLA с инфекционными заболеваниями 21
1.4.1.1 Иммуногенетика синдрома приобретенного иммунодефицита (СПИД) 21
1.4.1.2 Иммуногенетика гепатита 24
1.4.1.3 Иммуногенетика малярии 25
1.4.1.4 Иммуногенетика туберкулёза 26
1.4.2 Ассоциация HLA с аутоиммунными заболеваниями 28
1.4.2.1 Ассоциация с органоспецифическими аутоиммунными заболеваниями 28
1.4.2.2 Ассоциация с системными аутоиммунными заболеваниями 30
1.4.2.3 Иммуногенетика ревматоидного артрита
1.5 Популяционный полиморфизм генов HLA 34
1.6 Этногеографическая характеристика казахской популяции 37
1.7 Заключение 38
ГЛАВА 2. Материалы и методы 40
2.1 Материалы и оборудование 40
2.1.1 Среды и растворы 40
2.1.2 Оборудование 40
2.2 Методы исследования 41
2.2.1 Выделение геномной ДНК 41
2.2.2 Электрофоретический анализ продуктов амплификации ДНК 41
2.2.3 Очистка ПЦР-продуктов 42
2.2.4 Очистка продуктов амплификации для ПЦР-секвенирования 42
2.2.5 Секвенирование и анализ последовательностей ДНК 43
2.2.6 Применение методов клонирования при определении HLA- генотипа 43
2.2.7 Компьютерный анализ последовательностей 44
2.3 HLA-генотипирование 46
2.4 Характеристика обследованных групп
2.4.1 Здоровые представители казахской популяции 47
2.4.2 Популяции для межпопуляционного анализа 48
2.4.3 Пациенты с диагнозом легочный туберкулёз (ЛТБ) 48
2.4.4 Пациенты с диагнозом ревматоидный артрит (РА) 50
2.5 Статистический анализ 51
ГЛАВА 3. Результаты исследований 54
3.1 Полиморфизм генов HLA II класса в казахской популяции 54
3.1.1 Распределение аллелей генов HLA-DRB1, -DQA1 и -DQB1 54
3.1.2 Идентификация новых HLA-аллелей 57
3.1.3 Гаплотипы HLA-DRB1-DQA1-DQB1 59
3.1.4 Генетические расстояния между казахской популяцией и другими этническими группами 62
3.2 Полиморфизм HLA-генов II класса и восприимчивость к легочному туберкулёзу 66
3.2.1 Ассоциации аллелей генов HLA-DRB1, HLA-DQB1 и HLA-DQA1 с легочным туберкулёзом. 66
3.2.2 Ассоциации гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 с легочным туберкулёзом 71
3.2.3. Ассоциации аллелей HLA с мультирезистентным и монорезистентным легочным туберкулёзом. 72
3.3 Полиморфизм HLA-генов II класса и восприимчивость к ревматоидному артриту 75
3.3.1 Ассоциации групп аллелей генов HLA-DRB1, HLA-DQB1 и HLA-DQA1 с ревматоидным артритом 75
3.3.2 Ассоциации аллелей HLA-DRB1 04 и HLA-DRB1 13 с ревматоидным артритом. 78
3.3.3 Ассоциации генотипов HLA-DRB1 04 и HLA-DRB1 13 с ревматоидным артритом. 79
3.3.4 Ассоциации гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 с ревматоидным артритом 80
3.3.5 Мета-анализ ассоциаций HLA-DRB1 с ревматоидным артритом 83
ГЛАВА 4. Обсуждение результатов 87
4.1. Межпопуляционный аспект HLA-полиморфизма. 87
4.2 HLA-полиморфизм и восприимчивость к легочному туберкулёзу . 91
4.3 HLA-полиморфизм и восприимчивость к ревматоидному артриту. 93
4.4 Заключение 98
Выводы 99
Список сокращений 100
Список литературы 101
