Введение
1. Инсерции и делеции 5
1.1. Механизмы возникновения инсерций и делеций 6
1.2. Темпы инсерционного и делеционного мутагенеза 8
1.3. Практическая важность инделов 11
2. Естественный отбор, методы выявления 12
2.1. Тест dn/ds 13
2.2 Тест Макдональда-Крейтмана 14
2.3 Тест двойных замен 15
3. Отбор в сцепленных локусах 16
4. Генная конверсия 17
5. Адаптивный ландшафт 18
Материалы и методы 22
1. Геномные данные 22
2. Идентификация закрепившихся инсерций и делеций в участках дрозофил, приматов и дрожжей. 23
3. Идентификация закрепившихся инсерций и делеций в белок-кодирующих участках последовательностей дрозофил для анализа изменений в адаптивном ландшафте на разных филогенетических расстояниях 23
4. Идентификация полиморфных инделов в D. melanogaster 25
5. Оценки относительных скоростей мутагенеза инделов 27
6. Оценка интенсивности отрицательного отбора 27
7. Оценка интенсивности положительного отбора 30
8. Оценка интенсивности генной конверсии, смещнной в сторону инсерций. 31
9. Расчт длины адаптивной прогулки 32
10. Анализ эволюции в аминокислотных сайтах с различной консервативностью 33
11. Теоретическое распределение частот аллелей. 33
Глава 1. Анализ инсерций и делеций в популяции D. melanogaster 34
1.1 Оценка относительных скоростей мутагенеза на данных по низкочастотным инделам 34
1.2 Отрицательный и положительный отбор на инделы в различных участках генома . 36
Глава 2. Влияние генной конверсии на закрепление мутаций 44
Глава 3. Изменение адаптивного ландшафта при возникновении инсерций и делеций . 63
Выводы 77
Благодарности 78
Список публикаций по теме диссертации 79
Список литературы 80
